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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u55 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermoplasmatales archaeon heliorhodopsin at pH 4.5 | ||||||
![]() | Heliorhodopsin | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / microbial rhodopsin / retinal protein / heliorhodopsin / seven transmembrane protein | ||||||
機能・相同性 | Heliorhodopsin / Heliorhodopsin / identical protein binding / membrane / DODECANE / RETINAL / Heliorhodopsin HeR![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Besaw, J.E. / De Guzman, P. / Miller, R.J.D. / Ernst, O.P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Low pH structure of heliorhodopsin reveals chloride binding site and intramolecular signaling pathway. 著者: Besaw, J.E. / Reichenwallner, J. / De Guzman, P. / Tucs, A. / Kuo, A. / Morizumi, T. / Tsuda, K. / Sljoka, A. / Miller, R.J.D. / Ernst, O.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6is6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29886.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AYK20_03510 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-RET / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-D12 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 % / 解説: Diamond |
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結晶化 | 温度: 307.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Bicelle crystallization with 5 mg/mL protein in 8% bicelle (2.8:1 DMPC:CHAPSO). Crystallization condition is 26% polyethylene glycol 3350, 0.1 M sodium phosphate monobasic monohydrate at pH 4. ...詳細: Bicelle crystallization with 5 mg/mL protein in 8% bicelle (2.8:1 DMPC:CHAPSO). Crystallization condition is 26% polyethylene glycol 3350, 0.1 M sodium phosphate monobasic monohydrate at pH 4.5, 0.28 M ammonium sulfate, 0.18 M 1,6-hexanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→47.94 Å / Num. obs: 16754 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.85 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1100 / CC1/2: 0.72 / % possible all: 89.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6is6 解像度: 1.97→47.94 Å / SU ML: 0.1674 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3999 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→47.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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