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- PDB-7u55: Crystal structure of Thermoplasmatales archaeon heliorhodopsin at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u55
タイトルCrystal structure of Thermoplasmatales archaeon heliorhodopsin at pH 4.5
要素Heliorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / microbial rhodopsin / retinal protein / heliorhodopsin / seven transmembrane protein
機能・相同性Heliorhodopsin / Heliorhodopsin / identical protein binding / membrane / DODECANE / RETINAL / Heliorhodopsin HeR
機能・相同性情報
生物種Thermoplasmatales archaeon SG8-52-1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Besaw, J.E. / De Guzman, P. / Miller, R.J.D. / Ernst, O.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2017-06862 カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Low pH structure of heliorhodopsin reveals chloride binding site and intramolecular signaling pathway.
著者: Besaw, J.E. / Reichenwallner, J. / De Guzman, P. / Tucs, A. / Kuo, A. / Morizumi, T. / Tsuda, K. / Sljoka, A. / Miller, R.J.D. / Ernst, O.P.
履歴
登録2022年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heliorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4125
ポリマ－29,8861
非ポリマー5264
水66737
1
A: Heliorhodopsin
ヘテロ分子

A: Heliorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,82410
ポリマ－59,7732
非ポリマー1,0518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.848, 47.974, 56.688
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Heliorhodopsin


分子量: 29886.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasmatales archaeon SG8-52-1 (古細菌)
遺伝子: AYK20_03510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A151EDA9
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 % / 解説: Diamond
結晶化温度: 307.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Bicelle crystallization with 5 mg/mL protein in 8% bicelle (2.8:1 DMPC:CHAPSO). Crystallization condition is 26% polyethylene glycol 3350, 0.1 M sodium phosphate monobasic monohydrate at pH 4. ...詳細: Bicelle crystallization with 5 mg/mL protein in 8% bicelle (2.8:1 DMPC:CHAPSO). Crystallization condition is 26% polyethylene glycol 3350, 0.1 M sodium phosphate monobasic monohydrate at pH 4.5, 0.28 M ammonium sulfate, 0.18 M 1,6-hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→47.94 Å / Num. obs: 16754 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.85 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1100 / CC1/2: 0.72 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6is6

6is6


解像度: 1.97→47.94 Å / SU ML: 0.1674 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3999
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 1671 10 %
Rwork0.1979 15033 -
obs0.2003 16704 93.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 34 37 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00872135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13282917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0679338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7872756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.030.29721300.24571172X-RAY DIFFRACTION89.12
2.03-2.10.24081410.21711269X-RAY DIFFRACTION95.66
2.1-2.170.21611420.19051274X-RAY DIFFRACTION96.59
2.17-2.260.2271390.18121263X-RAY DIFFRACTION96.42
2.26-2.360.18611410.17321272X-RAY DIFFRACTION95.8
2.36-2.480.20871390.16681260X-RAY DIFFRACTION94.65
2.48-2.640.211380.16651237X-RAY DIFFRACTION93.92
2.64-2.840.19921400.17361256X-RAY DIFFRACTION93.57
2.84-3.130.19711400.18231252X-RAY DIFFRACTION93.61
3.13-3.580.18791390.19371247X-RAY DIFFRACTION92.15
3.58-4.510.2281380.21031245X-RAY DIFFRACTION91.11
4.51-47.940.26031440.22581286X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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