[日本語] English
万見
- PDB-7u4s: Structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Candid... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u4s
タイトルStructure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Candida albicans
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / cell wall organization / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans WO-1 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Miranda, R.R. / Silva, M. / Iulek, J.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)573607/2008-7 and 08/57910-0 ブラジル
引用ジャーナル: Chem. Data Coll. / 年: 2022
タイトル: Expression, purification, crystallization and structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Candida albicans, main causative agent of candidiasis
著者: Miranda, R.R. / Silva, M. / Iulek, J.
履歴
登録2022年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,9767
ポリマ－143,6994
非ポリマー2763
水8,323462
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12500 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area46310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.718, 126.899, 86.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.322, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH


分子量: 35924.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans WO-1 (酵母) / 株: WO-1 / 遺伝子: TDH1, GAP, TDH3, CAWG_02997 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q92211, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG6000 0.1 M citrate, pH 4.0, 1.0 M lithium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→72.52 Å / Num. obs: 44083 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 40.72 Å2 / CC1/2: 0.966 / Rpim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / 冗長度: 7 % / Num. unique obs: 3258 / CC1/2: 0.4 / Rpim(I) all: 2.205 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4IQ8

4iq8


解像度: 2.68→72.52 Å / SU ML: 0.4565 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.4152
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 2192 4.97 %
Rwork0.2364 41891 -
obs0.2388 44083 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→72.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9566 0 18 462 10046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00149824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.426813364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04441571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341710
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.08283448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.740.36521600.34762595X-RAY DIFFRACTION99.35
2.74-2.80.37331420.33182597X-RAY DIFFRACTION99.6
2.8-2.870.37531100.30592628X-RAY DIFFRACTION99.67
2.87-2.950.31911300.29462618X-RAY DIFFRACTION99.71
2.95-3.040.37741350.28282590X-RAY DIFFRACTION99.85
3.04-3.130.37021330.28222603X-RAY DIFFRACTION99.82
3.13-3.250.35131380.27252609X-RAY DIFFRACTION99.64
3.25-3.380.32741330.24952598X-RAY DIFFRACTION99.82
3.38-3.530.28321430.23512643X-RAY DIFFRACTION99.93
3.53-3.720.32481340.2282609X-RAY DIFFRACTION99.96
3.72-3.950.271410.2192617X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.250.2671360.20452618X-RAY DIFFRACTION99.89
4.25-4.680.22541400.18242623X-RAY DIFFRACTION99.93
4.68-5.360.20911370.19612631X-RAY DIFFRACTION99.96
5.36-6.750.28021380.2322652X-RAY DIFFRACTION99.86
6.75-72.520.2351420.21532660X-RAY DIFFRACTION99.43
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.603972088049-0.129303431164-0.2194983376070.5206509934620.2935829427810.335183477450.04986880092930.09640758194270.175315247536-0.1727792257820.057331771807-0.1432397091420.04514667606380.0873313611829-0.106257256760.9132103235870.008335383701290.05409154885670.174481515186-0.05708628599220.21564263815574.9563277402-15.918626990210.6579795115
20.5822282211380.1534245435870.0275698594880.7629918563250.6476576632920.863982688350.0699741648578-0.0972018339685-0.0530117076540.1781344595980.1080224760960.03007491448250.08064044425090.03552391785950.1382942884740.859783576873-0.004891294164460.05717318681820.161990722076-0.05513344830520.2090197963870.393597943915.629824657533.1292802185
31.256598908130.0416426797616-0.03760901382521.8614332836-0.5000137089870.7087438309550.139026326095-0.04767284566690.1883189413720.3390589414790.1738136995610.655220974571-0.0138375976593-0.451096109304-0.3201850398050.714307551454-0.03435730080050.1238752012830.3706150001290.1367710011290.44833947696938.9170240574-14.521061859829.7489755854
40.794615576845-0.128238159669-0.0742120408731.336710464350.09642958021131.065116041030.1168745132730.08006546119330.0241494068674-0.217695662870.06488685146080.4766862686030.0517046355003-0.241706208017-0.2003059498840.6611038138560.0144132237491-0.0615672570930.3710921593750.175079123810.44291540222544.035865761213.29343009771.9555907065
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 1 - 335

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
11chain AAA1 - 327
22chain BBB1 - 325
33chain CCC1 - 328
44chain DDD1 - 325

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る