+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u4b | ||||||
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Title | Ampicillin-CTX-M-15 | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / antibiotics / complex / b-lactamase / Ampicillin / CTX-M-15 / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.92 Å | ||||||
Authors | Ahmadvand, P. / Kang, C.H. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2022 Title: Characterization of Interactions between CTX-M-15 and Clavulanic Acid, Desfuroylceftiofur, Ceftiofur, Ampicillin, and Nitrocefin. Authors: Ahmadvand, P. / Avillan, J.J. / Lewis, J.A. / Call, D.R. / Kang, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7u4b.cif.gz | 316.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7u4b.ent.gz | 256.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7u4b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7u4b_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7u4b_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 7u4b_validation.xml.gz | 34.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7u4b_validation.cif.gz | 47.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/7u4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/7u4b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7u48C 7u49C 7u57C 4hbtS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31075.451 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: A48P, Q49L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: bla, blaCTX-M-15 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C7S9T0, beta-lactamase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.8 / Details: 300 mM Ammonium sulfate, 30% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 18, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 57183 / % possible obs: 94.1 % / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 1.584 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 775061 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4HBT Resolution: 1.92→48.9 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.16 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.46 Å2 / Biso mean: 46.0985 Å2 / Biso min: 19.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.92→48.9 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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