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- PDB-7u3x: [F233] Self-assembling tensegrity triangle with two turns, three ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u3x
タイトル[F233] Self-assembling tensegrity triangle with two turns, three turns and three turns of DNA per axis by extension with P1 symmetry
要素
  • (DNA (31-MER)) x 2
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*A)-3')
キーワードDNA / Tensegrity triangle / self-assembling crystal
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.68 Å
データ登録者Woloszyn, K. / Vecchioni, S. / Seeman, N.C. / Sha, R. / Ohayon, Y.P.
資金援助 米国, フランス, 5件
組織認可番号国
Office of Naval Research (ONR)N000141912596 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0007991 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2106790 米国
Human Frontier Science Program (HFSP)RPG0010/2017 フランス
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1420073 米国
引用ジャーナル: Adv Mater / 年: 2022
タイトル: Augmented DNA Nanoarchitectures: A Structural Library of 3D Self-Assembling Tensegrity Triangle Variants.
著者: Woloszyn, K. / Vecchioni, S. / Ohayon, Y.P. / Lu, B. / Ma, Y. / Huang, Q. / Zhu, E. / Chernovolenko, D. / Markus, T. / Jonoska, N. / Mao, C. / Seeman, N.C. / Sha, R.
履歴
登録2022年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (31-MER)
E: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
B: DNA (31-MER)
F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
M: DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9767
ポリマ－50,9767
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area28610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.961, 100.275, 102.065
Angle α, β, γ (deg.)100.577, 100.806, 102.394
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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DNA鎖 , 7種, 7分子 AEDBFCM

#1: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9532.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*CP*G)-3')


分子量: 4302.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 7408.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9537.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 7464.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*T)-3')


分子量: 6417.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量: 6313.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: MOPS, Magnesium sulfate, Sodium hydroxide / Temp details: 338-293 at 0.4/hr, 293-277 at 0.1/hr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.00743 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00743 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.68→97.489 Å / Num. obs: 5122 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 400.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
5.68-6.143.72570.481
17.156-97.4893.72550.9981

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GBI

3gbi


解像度: 5.68→41.05 Å / SU ML: 0.6757 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.6849
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 273 5.37 %
Rwork0.1238 4807 -
obs0.1262 5080 68.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 441.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.68→41.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3385 0 0 3385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03333793
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.60335841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1677658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d42.85121633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.68-7.150.3481930.3231399X-RAY DIFFRACTION40.52
7.15-41.050.16411800.11223408X-RAY DIFFRACTION96.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.52620662336-2.9133682652-2.696788371328.66408871532-0.7466277269220.704904414441-0.9323650081850.42160891060.545736930173-0.9582569105511.17095082816-6.05519871271-4.540867991061.78058263483-0.7351210547988.006274940730.135873184897-0.9377923056762.49063143432-1.351743593033.3047084947514.713007258421.3143560107-3.13736617764
20.866367728004-1.2453079904-1.580955697973.761910855312.421454881352.800178734780.7174927419151.76966145427-1.286114117141.12588420117-0.442240893808-1.20029311740.4446526965850.3942541936570.3224248599013.24285329127-0.135635915211-3.262164846254.8171645696-4.487956196626.1971483983424.7239827203-8.398573362197.11104845482
30.256643732923-1.01973783354-0.1355810157453.61387334975-0.4915234661920.1923897098310.605071573712-1.962250849792.365258569841.828834598260.1625981621070.528742574723-2.92606984311-0.5933736849340.8824875915347.80173275561-0.851923808930.862000065061.43668573861-1.801970957144.829962462616.5376514314939.5846825375-6.45092080778
45.14930486203-0.587272195461-2.646496089663.867612108-0.9697577339041.782159949580.110050649696-1.51079670963-1.15660588127-0.167359058241-3.174096712832.0692562837-0.120872546712-0.9950944998521.032995900756.95269664735-2.58313605035-0.2682071499983.84326840369-1.895403471431.5837576942-10.949296769412.473170514217.9294750019
51.92484722241-0.0703218187487-1.221050186180.2521294474410.5464003156691.08214531522-0.634908614393-2.64775118656-1.384187137923.787428083250.688709841892-2.13297078987-0.2457718432321.444590468870.0174955321387.250858290490.625066745791-1.420569799217.143771820590.07310710179070.844553049765-16.25188069862.9917594609936.8437621262
68.78533883645-1.269660127973.433860310176.7800575982-6.141410920055.945035316911.06654448011-1.7738193766-0.7367058799592.88745502612.11010667395-0.459864281699-3.953187837981.29946368036-0.3676515521612.141866972-0.371328181479-0.6040643516665.04022220953-2.422901030512.193787853721.6591220241-6.3838250338215.2982159567
71.993004509035.733862364582.030744480876.48975552177-1.30362289351.97652582097-0.538258221967-0.743034054015-2.12923013326-1.254233935691.73688830848-3.92503060038-1.68071683235-2.37206734360.4454548595694.522392186972.288030532041.325777493834.36129276368-0.5205269949632.858504312993.289498863685.183148135814.99792230282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 101 through 131)AA101 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'E' and resid 101 through 114)EB101 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'D' and resid 101 through 124)DC101 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 101 through 131)BD101 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'F' and resid 101 through 124)FE101 - 124
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'C' and resid 101 through 121)CF101 - 121
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'M' and resid 101 through 121)MG101 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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