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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u3q | ||||||||||||||||||
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タイトル | [4T7] Self-assembling tensegrity triangle with four turns of DNA per axis with R3 symmetry | ||||||||||||||||||
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![]() | DNA / Tensegrity triangle / self-assembling crystal | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Woloszyn, K. / Vecchioni, S. / Lu, B. / Ma, Y. / Seeman, N.C. / Sha, R. / Ohayon, Y.P. / Huang, Q. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Augmented DNA Nanoarchitectures: A Structural Library of 3D Self-Assembling Tensegrity Triangle Variants. 著者: Woloszyn, K. / Vecchioni, S. / Ohayon, Y.P. / Lu, B. / Ma, Y. / Huang, Q. / Zhu, E. / Chernovolenko, D. / Markus, T. / Jonoska, N. / Mao, C. / Seeman, N.C. / Sha, R. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 376.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 384.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7u3oC ![]() 7u3pC ![]() 7u3rC ![]() 7u3sC ![]() 7u3tC ![]() 7u3uC ![]() 7u3vC ![]() 7u3wC ![]() 7u3xC ![]() 7u3yC ![]() 7u3zC ![]() 7u40C ![]() 7u41C ![]() 7u42C ![]() 7u43C ![]() 7u44C ![]() 7u45C ![]() 3gbiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1166.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 8811.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 13054.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 1825.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#5: DNA鎖 | 分子量: 870.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 31.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 96.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM MOPS, 125 mM magnesium sulfate, sodium hydroxide Temp details: 338K to 293K at 0.4K/hr, 293K to 277K at 0.1K/hr |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月18日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00743 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 9.319→86.266 Å / Num. obs: 1708 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 1119.43 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3GBI 解像度: 9.32→44.06 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.9701 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 1190.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 9.32→44.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 9.32→44.06 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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