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- PDB-7u3o: [a2T7] Self-assembling asymmetric tensegrity triangle with P1 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u3o
タイトル[a2T7] Self-assembling asymmetric tensegrity triangle with P1 symmetry
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*T)-3')
キーワードDNA / Tensegrity triangle / self-assembling crystal
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Woloszyn, K. / Vecchioni, S. / Seeman, N.C. / Sha, R. / Ohayon, Y.P.
資金援助 米国, フランス, 5件
組織認可番号国
Office of Naval Research (ONR)N000141912596 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0007991 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2106790 米国
Human Frontier Science Program (HFSP)RPG0010/2017 フランス
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1420073 米国
引用ジャーナル: Adv Mater / 年: 2022
タイトル: Augmented DNA Nanoarchitectures: A Structural Library of 3D Self-Assembling Tensegrity Triangle Variants.
著者: Woloszyn, K. / Vecchioni, S. / Ohayon, Y.P. / Lu, B. / Ma, Y. / Huang, Q. / Zhu, E. / Chernovolenko, D. / Markus, T. / Jonoska, N. / Mao, C. / Seeman, N.C. / Sha, R.
履歴
登録2022年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
M: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6177
ポリマ－38,6177
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.409, 68.154, 68.771
Angle α, β, γ (deg.)101.471, 99.060, 97.845
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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DNA鎖 , 7種, 7分子 AEDBFCM

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6457.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*)-3')


分子量: 4293.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4366.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*T)-3')


分子量: 6417.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*CP*G)-3')


分子量: 4302.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 6466.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*T)-3')


分子量: 6313.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM MOPS, 1.25 M magnesium sulfate, sodium hydroxide
Temp details: 338K to 293K at 0.4K/hr, 293K to 277K at 0.1K/hr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.00743 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00743 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.31→65.781 Å / Num. obs: 8803 / % possible obs: 84.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 177.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
3.31-3.923.84410.6151
11.119-65.7813.74400.9971

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GBI

3gbi


解像度: 3.31→40.96 Å / SU ML: 0.5002 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 56.0792
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2561 443 5.04 %
Rwork0.2294 8340 -
obs0.2306 8783 50.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 228.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→40.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2565 0 0 2565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00872871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04864413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0627498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d42.19811227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.31-3.790.497490.5104278X-RAY DIFFRACTION4.95
3.79-4.780.41481420.39862680X-RAY DIFFRACTION49.09
4.78-40.960.23912920.2075382X-RAY DIFFRACTION98.3
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89380754130.6282282818520.2590410597093.84427860928-4.146453053753.949348581330.126109385207-0.74672812031-1.12580030106-1.392906378370.632938261578-0.8434041646890.550204709933-0.654877470791-0.736401452392.06068169681-0.25026883566-0.285173878011.889616514520.07518686114871.8710007274316.1352.868-5.175
26.225646446943.08114447633-4.005145178398.372674564441.042105410885.678674556491.846440244710.5730913518541.041554269940.43297106011-0.0737348394944-2.153990013812.133300822721.09953134435-1.524988896071.406925071390.5020179949630.2612718336671.569785880440.3759894947682.6013897649523.799-9.7265.257
33.79187998114.02785081469-0.9411603947366.41006264805-5.266391079859.246200279781.16573265583-1.610559178050.5268716972274.964965397550.750230550348-3.98804347441-2.227208261291.86723844018-3.189089504743.470320939420.4309685575070.6895983000991.13791595307-0.4275717697952.7801198975712.86830.409-1.521
44.68654981126-5.314933420335.366764381226.30883063016-4.71969501828.846052715090.04124219103911.85704534693-1.60834883229-0.5904467989531.373424265693.92854642008-2.76919603369-3.63314197109-1.438450461352.589607872230.2863612088340.1710760993573.709728273370.5346082727471.38199320688-6.47517.945-16.988
55.08192627017-1.3552520391-3.522405931313.38016292886-1.685010853214.813036220020.4090957069080.9686899908720.494120586102-0.3289324116870.020768061779-0.497580386081-2.27631857996-2.23205352698-0.4777324888552.21238090495-0.1455510400270.1483449524212.339337379270.1612078035591.12048410917-6.34414.913.094
66.144390976282.92517576125-2.270442567611.61205078489-1.154394295920.78449755371-1.02103588521-1.467261906283.277023352923.590908506180.54528383234-0.541624211311-3.652107723673.105971759770.5818447833023.134945587040.128378454099-0.7467985156063.289417128610.4755821467760.228144561089-7.27610.26630.722
74.508894380931.47170428395.894737656538.78604668622-1.788160715918.90212121704-0.2524587700020.981366044131-0.742509170998-0.04150797569661.856979074420.8303763253510.648845708289-1.63892196934-1.895257317131.69693568566-0.4134151483380.1525786265363.29066275010.8375089277952.833049386-18.112-9.08715.197
88.83511465248-8.60570261469-0.5056736077026.901426766570.1307686749933.38915889130.754111661196-3.42605767868-1.97263456988-0.518213173566-0.3759966688310.992914955943-0.013547117043-1.44146647793-0.216261714931.33949438643-0.325054130148-0.1472554767982.394783824820.1428003783151.792510719281.019-7.03115.171
99.73761640059-3.47660248535-2.795120164212.36589568334-1.006339502517.056558318330.981202442524-1.98737909780.0323508808654-0.245371610077-0.1523843761440.184209217242-1.62218415618-0.25307297971-0.8441787620111.60667675655-0.236819204523-0.03256843653411.67529604424-0.3681336002661.237710238174.454.354.904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 101:121 )A101 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN E AND RESID 101:114 )E101 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN D AND RESID 101:108 )D101 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 109:114 )D109 - 114
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 101:121 )B101 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 101:108 )F101 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN F AND RESID 109:114 )F109 - 114
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 101:121 )C101 - 121
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN M AND RESID 101:121 )M101 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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