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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u38 | |||||||||
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タイトル | Pixantrone tethered DNA duplex | |||||||||
要素 | Pixantrone AP conjugate-modified DNA | |||||||||
キーワード | DNA / Pixantrone / DNA structure / Pixantrone-AP / pixantrone conjugate / abasic site | |||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å | |||||||||
データ登録者 | Pallan, P.S. / Egli, M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Characterization of a Covalent Conjugate between Pixantrone and an Abasic Site in DNA 著者: Kellum Jr., A.H. / Pallan, P.S. / Terrell, J.T. / Fu, Y. / Noh, B. / Rizzo, C.J. / Egli, M. / Stone, M.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u38.cif.gz | 27.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u38.ent.gz | 17 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u38.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u38_validation.pdf.gz | 401.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7u38_full_validation.pdf.gz | 401.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7u38_validation.xml.gz | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u38_validation.cif.gz | 4.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/7u38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/7u38 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3918.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: LVR is Pixantrone AP conjugate, CBR is 5-Bromo cytidine 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallized from drops containing 2.2 M ammonium sulfate, and 2.8% to 3.8% PEG-400, in 0.1 M HEPES sodium |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9184 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Kohzu monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 7367 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 37.5 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 0.816 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 276573 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.49→27.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.2 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 156.38 Å2 / Biso mean: 49.563 Å2 / Biso min: 5.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.49→27.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.492→2.557 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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