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万見
- PDB-7u37: Solution NMR structure of Vibrio cholerae ferrous iron transport ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u37
タイトルSolution NMR structure of Vibrio cholerae ferrous iron transport protein C (FeoC)
要素Ferrous iron transport protein C
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / FeoC / ferrous iron transport / Feo
機能・相同性Transcriptional regulator HTH-type, FeoC / FeoC like transcriptional regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Ferrous iron transport protein C
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
手法溶液NMR / na
データ登録者Brown, J.B. / Lee, M.A. / Smith, A.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM133497 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM066706 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2022
タイトル: The structure of Vibrio cholerae FeoC reveals conservation of the helix-turn-helix motif but not the cluster-binding domain.
著者: Brown, J.B. / Lee, M.A. / Smith, A.T.
履歴
登録2022年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5911
ポリマ－8,5911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 160target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Ferrous iron transport protein C / Iron transporter FeoC


分子量: 8590.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
遺伝子: D6U24_00500, ERS013138_00486, ERS013165_00119, ERS013166_01719, ERS013173_02915, ERS013186_03225, ERS013193_04710, ERS013198_00924, ERS013199_01103, ERS013200_03657, ERS013202_01477, ...遺伝子: D6U24_00500, ERS013138_00486, ERS013165_00119, ERS013166_01719, ERS013173_02915, ERS013186_03225, ERS013193_04710, ERS013198_00924, ERS013199_01103, ERS013200_03657, ERS013202_01477, ERS013206_03620, ERS013207_00898, EYB64_02470
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F0B4M5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
132isotropic13D CBCA(CO)NH
142isotropic13D HN(CA)CB
152isotropic13D HNCO
162isotropic13D HN(CA)CO
172isotropic14D HSQC-NOESY-HMQC
283isotropic14D HMQC-NOESY-HMQC
294isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution150 mM sodium phosphate, 5 mM sodium chloride, 1 g/L [U-99% 15N] ammonium chloride, 300 uM [U-15N] Vibrio cholerae FeoC, 90% H2O/10% D2O15N90% H2O/10% D2O
solution250 mM sodium phosphate, 5 mM sodium chloride, 1 g/L [U-15N] ammonium chloride, 4 g/L [U-100% 13C] glucose, 300 uM [U-13C; U-15N] Vibrio cholerae FeoC, 90% H2O/10% D2O15N_13C90% H2O/10% D2O
solution350 mM sodium phosphate, 5 mM sodium chloride, 4 g/L [U-100% 13C] glucose, 300 uM [U-13C; U-15N] Vibrio cholerae FeoC, 100% D2O13C100% D2O
solution450 mM sodium phosphate, 5 mM sodium chloride, 300 uM [U-13C; U-15N] Vibrio cholerae FeoC, 100% D2OUL100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
5 mMsodium chloridenatural abundance1
1 g/Lammonium chloride[U-99% 15N]1
300 uMVibrio cholerae FeoC[U-15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
5 mMsodium chloridenatural abundance2
1 g/Lammonium chloride[U-15N]2
4 g/Lglucose[U-100% 13C]2
300 uMVibrio cholerae FeoC[U-13C; U-15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
5 mMsodium chloridenatural abundance3
4 g/Lglucose[U-100% 13C]3
300 uMVibrio cholerae FeoC[U-13C; U-15N]3
50 mMsodium phosphatenatural abundance4
5 mMsodium chloridenatural abundance4
300 uMVibrio cholerae FeoC[U-13C; U-15N]4
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
15 mMconditions_161 atm298 K
25 mMconditions_26 pD1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRFxJohnson, One Moon Scientific解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: na / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 160 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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