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万見
- PDB-7u2f: G116F Pseudomonas aeruginosa azurin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u2f
タイトルG116F Pseudomonas aeruginosa azurin
要素Azurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / G116F mutant / Pseudomonas aeruginosa / azurin / redox potential tuning / phenylalanine / secondary coordination sphere
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, Y. / Lu, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2201279 米国
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural Basis for the Effects of Phenylalanine on Tuning the Reduction Potential of Type 1 Copper in Azurin.
著者: Liu, Y. / Marshall, N.M. / Yu, S.S. / Kim, W. / Gao, Y.G. / Robinson, H. / Nilges, M.J. / Zhang, Y. / New, S.Y. / Lu, Y.
履歴
登録2022年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3014
ポリマ－14,0521
非ポリマー2493
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.172, 49.172, 261.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Azurin


分子量: 14051.921 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-148 / 変異: G116F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: azu, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3 uL 1.4 mM in 100 mM sodium acetate, pH 5.6 + 1 uL reservoir buffer (20% PEG4000, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 10 mM copper(II) sulfate, 100 mM lithium nitrate) against 250 uL reservoir buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.58 Å / Num. obs: 10424 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 66.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 20.78
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 1006 / CC1/2: 0.708 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4AZU

4azu


解像度: 2.2→42.58 Å / SU ML: 0.3998 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.7106
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 1040 10 %
Rwork0.221 9364 -
obs0.2247 10404 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数980 0 10 28 1018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00281005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54621355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2945134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.320.40381420.36861292X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.460.37211470.32381314X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.650.36621410.3251272X-RAY DIFFRACTION99.72
2.65-2.920.33071470.31551319X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.340.34631480.26691330X-RAY DIFFRACTION100
3.34-4.210.22861510.20991366X-RAY DIFFRACTION99.67
4.21-42.580.20421640.16711471X-RAY DIFFRACTION98.14
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.89749069655 Å / Origin y: -16.2824755597 Å / Origin z: 9.93376984892 Å
111213212223313233
T0.491969561306 Å20.0762219685658 Å2-0.00991828024833 Å2-0.571332754887 Å2-0.141337905673 Å2--0.479033637823 Å2
L5.57152755952 °20.341900840093 °21.05400494906 °2-4.17378951612 °20.624972511188 °2--3.24743365342 °2
S-0.296996725911 Å °-0.610881929771 Å °0.55026039815 Å °0.443055834431 Å °0.0821981236328 Å °-0.0536113320801 Å °-0.163115340473 Å °-0.208832406288 Å °0.164059782746 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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