+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u2d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody ADG20 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Coronavirus / Antibody / Spike / RBD / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, X. / Yuan, M. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: A broad and potent neutralization epitope in SARS-related coronaviruses. 著者: Yuan, M. / Zhu, X. / He, W.T. / Zhou, P. / Kaku, C.I. / Capozzola, T. / Zhu, C.Y. / Yu, X. / Liu, H. / Yu, W. / Hua, Y. / Tien, H. / Peng, L. / Song, G. / Cottrell, C.A. / Schief, W.R. / ...著者: Yuan, M. / Zhu, X. / He, W.T. / Zhou, P. / Kaku, C.I. / Capozzola, T. / Zhu, C.Y. / Yu, X. / Liu, H. / Yu, W. / Hua, Y. / Tien, H. / Peng, L. / Song, G. / Cottrell, C.A. / Schief, W.R. / Nemazee, D. / Walker, L.M. / Andrabi, R. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: A broad and potent neutralization epitope in SARS-related coronaviruses. 著者: Yuan, M. / Zhu, X. / He, W.T. / Zhou, P. / Kaku, C.I. / Capozzola, T. / Zhu, C.Y. / Yu, X. / Liu, H. / Yu, W. / Hua, Y. / Tien, H. / Peng, L. / Song, G. / Cottrell, C.A. / Schief, W.R. / ...著者: Yuan, M. / Zhu, X. / He, W.T. / Zhou, P. / Kaku, C.I. / Capozzola, T. / Zhu, C.Y. / Yu, X. / Liu, H. / Yu, W. / Hua, Y. / Tien, H. / Peng, L. / Song, G. / Cottrell, C.A. / Schief, W.R. / Nemazee, D. / Walker, L.M. / Andrabi, R. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 104.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 492.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 501.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7u2eC ![]() 7mf1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#2: 抗体 | 分子量: 24134.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#3: 抗体 | 分子量: 22952.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 23104.867 Da / 分子数: 1 / 断片: Receptor binding domain, UNP residues 333-530 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() |
---|---|
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 40分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-CIT / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.16 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 4.16 and 1.45 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 20610 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 71.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.734 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 230397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7MF1 解像度: 2.76→35.74 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.28 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.02 Å2 / Biso mean: 72.145 Å2 / Biso min: 28.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.76→35.74 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
|