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- PDB-7u1t: EBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u1t
タイトルEBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element
要素
  • (DNA (59-MER)) x 2
  • Epstein-Barr nuclear antigen 1
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA / EBV latency protein EBNA1 Dyad symmetry / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Epstein-Barr nuclear antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mei, Y. / Lieberman, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA093606-18 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)5R01DE017336-13 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: EBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element
著者: Mei, Y. / Lieberman, P.
履歴
登録2022年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epstein-Barr nuclear antigen 1
B: Epstein-Barr nuclear antigen 1
C: Epstein-Barr nuclear antigen 1
D: Epstein-Barr nuclear antigen 1
E: DNA (59-MER)
F: DNA (59-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3326
ポリマ－113,3326
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Epstein-Barr nuclear antigen 1 / EBNA-1 / EBV nuclear antigen 1


分子量: 19243.031 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA-binding domain (UNP residues 438-615) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: EBNA1, BKRF1 / プラスミド: pET-mod / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P03211
#2: DNA鎖 DNA (59-MER)


分子量: 18181.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
参照: GenBank: 330330
#3: DNA鎖 DNA (59-MER)


分子量: 18177.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
参照: GenBank: 330330

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.160 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: Rosetta(DE3) / プラスミド: pET-mod
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
32 mMtris(2-carboxyethyl)phosphine1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 21 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 30000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10000 nm / Calibrated defocus min: 10000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 30000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.68 sec. / 電子線照射量: 1.03 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4938

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2RELION3.1.3粒子像選択
5cryoSPARC3.3.1CTF補正Patch CTF(M)
6RELION3.1.3CTF補正CTFFIND4.1
9UCSF Chimera8.6.9モデルフィッティング
10Coot0.9.6モデルフィッティング
14RELION3.1.3分類
15RELION3.1.3３次元再構成
16PHENIX1.2モデル精密化
17Coot0.9.6モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1806607
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168682 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 135 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 6PW2 / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 6PW2

6pw2

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-IDPdb chain residue range
1A461-607
2B461-607
3C461-607
4D461-607
5E3-57
6F3-57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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