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- PDB-7u1d: Crystal structure of arabidopsis thaliana acetohydroxyacid syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u1d
タイトルCrystal structure of arabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase P197T mutant in complex with chlorimuron-ethyl
要素Acetolactate synthase, chloroplastic
キーワードLIGASE / Herbicide / Resistance / AHAS / ALS / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / response to herbicide / thiamine pyrophosphate binding / chloroplast stroma / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CIE / ETHANEPEROXOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-TP9 / Acetolactate synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Guddat, L.W. / Cheng, Y.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of resistance to herbicides that target acetohydroxyacid synthase.
著者: Lonhienne, T. / Cheng, Y. / Garcia, M.D. / Hu, S.H. / Low, Y.S. / Schenk, G. / Williams, C.M. / Guddat, L.W.
履歴
登録2022年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetolactate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,68611
ポリマ－63,5241
非ポリマー2,16110
水00
1
A: Acetolactate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,37122
ポリマ－127,0492
非ポリマー4,32220
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
Buried area14650 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area37720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.479, 178.479, 184.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-707-

MG

21A-708-

MG

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Acetolactate synthase, chloroplastic / AtALS / Acetohydroxy-acid synthase / Protein CHLORSULFURON RESISTANT 1


分子量: 63524.488 Da / 分子数: 1 / 変異: P197T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ALS, AHAS, CSR1, TZP5, At3g48560, T8P19.70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17597, acetolactate synthase

-
非ポリマー , 7種, 10分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-CIE / 2-[[[[(4-CHLORO-6-METHOXY-2-PYRIMIDINYL)AMINO]CARBONYL]AMINO]SULFONYL]BENZOIC ACID ETHYL ESTER / CHLORIMURON ETHYL / クロリムロンエチル


分子量: 414.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H15ClN4O6S
#5: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-F50 / ETHANEPEROXOIC ACID / 過酢酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#7: 化合物 ChemComp-TP9 / (3Z)-4-{[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]AMINO}-3-MERCAPTOPENT-3-EN-1-YL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE


分子量: 412.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N4O7P2S
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4
詳細: CHES buffer, potassium sodium tartrate, ammonium sulfate
PH範囲: 9.4-9.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→49.62 Å / Num. obs: 31789 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 39.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 3.11→3.27 Å / Num. unique obs: 4489 / CC1/2: 0.775

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K2O

5k2o


解像度: 3.11→49.62 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 1996 6.3 %
Rwork0.1758 29672 -
obs0.1776 31668 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.05 Å2 / Biso mean: 81.4774 Å2 / Biso min: 38.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.11→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4460 0 136 0 4596
Biso mean--81.56 --
残基数----582
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.11-3.190.32421380.31592041217997
3.19-3.270.27631390.267420522191100
3.27-3.370.2711410.243920952236100
3.37-3.480.27411390.238820882227100
3.48-3.60.25941410.224320862227100
3.6-3.740.23041400.194820912231100
3.74-3.920.20771420.176620942236100
3.92-4.120.21621410.166320982239100
4.12-4.380.15661410.140421122253100
4.38-4.720.16681430.134921292272100
4.72-5.190.1661430.138121272270100
5.19-5.940.19251450.169521582303100
5.94-7.480.20621470.177321852332100
7.48-49.620.18951560.161523162472100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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