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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u0w | ||||||
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タイトル | Structure of myxoma virus M062 protein variant MAV | ||||||
![]() | Probable host range protein 2-1 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / myxoma virus / M062 / SAMD9 / C7L superfamily / host-range factor / innate immunity / viral antagonism | ||||||
機能・相同性 | Poxvirus C7/F8A / Poxvirus C7/F8A protein / viral process / Probable host range protein 2-1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | O'Byrne, P. / Khan, A.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of myxoma virus M062 protein variant MAV 著者: O'Byrne, P. / Khan, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7u0vC ![]() 5cz3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 3 - 145 / Label seq-ID: 6 - 148
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18638.160 Da / 分子数: 2 / 変異: I79T,C90S,C107S,C143S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Lausanne / 遺伝子: m062R / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.85 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Imidazole, pH 8.0 11-14% PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→128.9 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 149.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 31.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.42 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 1.551 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1441 / CC1/2: 0.624 / Rpim(I) all: 0.508 / Rrim(I) all: 1.633 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5cz3 解像度: 3.205→74.422 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 221.33 Å2 / Biso mean: 146.2332 Å2 / Biso min: 105.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.205→74.422 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.2212 Å / Origin y: -57.8282 Å / Origin z: -0.0525 Å
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精密化 TLSグループ |
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