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万見
- PDB-7u0v: Structure of myxoma virus M062 protein variant Lau -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u0v
タイトルStructure of myxoma virus M062 protein variant Lau
要素Probable host range protein 2-1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / myxoma virus / M062 / SAMD9 / C7L superfamily / host-range factor / innate immunity (自然免疫系) / viral antagonism
機能・相同性Poxvirus C7/F8A / Poxvirus C7/F8A protein / viral process / NICKEL (II) ION / Probable host range protein 2-1
機能・相同性情報
生物種Myxoma virus Homo sapiens
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者O'Byrne, P. / Khan, A.R.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation IrelandSFI 12/1A/1239 アイルランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of myxoma virus M062 protein variant MAV
著者: O'Byrne, P. / Khan, A.R.
履歴
登録2022年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_src_gen
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable host range protein 2-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7092
ポリマ－18,6501
非ポリマー591
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.827, 94.827, 44.136
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Probable host range protein 2-1 / M062


分子量: 18650.213 Da / 分子数: 1 / 変異: C90S,C107S,C143S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxoma virus (strain Lausanne)Homo sapiens (ウイルス)
株: Lausanne / 遺伝子: m062R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68550
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 50mM MgCl2 14% ethylene glycol 6% PEG8K 0.1M Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→82.123 Å / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05385 / Rpim(I) all: 0.0184 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 23.92
反射 シェル解像度: 2.45→2.528 Å / Num. unique obs: 846 / CC1/2: 0.407

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5cyw

5cyw


解像度: 2.45→47.41 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 36.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 873 10.31 %
Rwork0.2112 7596 -
obs0.2169 8469 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.63 Å2 / Biso mean: 96.5222 Å2 / Biso min: 56.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→47.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1270 0 1 0 1271
Biso mean--117.81 --
残基数----156
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.45-2.60340.48751260.4621279100
2.6034-2.80440.41011540.3431242100
2.8044-3.08670.36211600.2621242100
3.0867-3.53330.33511380.23621267100
3.5333-4.45160.26581510.19841276100
4.4516-47.410.20381440.1771129098
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.5101 Å / Origin y: 34.1145 Å / Origin z: 34.3344 Å
111213212223313233
T0.6544 Å20.0031 Å20.0806 Å2-0.8433 Å20.0165 Å2--0.6976 Å2
L4.4085 °2-0.0517 °22.4249 °2-3.8595 °21.4463 °2--3.6844 °2
S0.1364 Å °0.1045 Å °-0.2541 Å °0.0466 Å °-0.3291 Å °0.2793 Å °0.1278 Å °-0.4667 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-2 - 156
2X-RAY DIFFRACTION1allB1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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