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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u0p | ||||||
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タイトル | SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-S21F2 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-Cov2 6P spike protein / immune complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural constituent of virion ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å | ||||||
データ登録者 | Patel, A. / Ortlund, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structural insights for neutralization of Omicron variants BA.1, BA.2, BA.4, and BA.5 by a broadly neutralizing SARS-CoV-2 antibody. 著者: Sanjeev Kumar / Anamika Patel / Lilin Lai / Chennareddy Chakravarthy / Rajesh Valanparambil / Elluri Seetharami Reddy / Kamalvishnu Gottimukkala / Meredith E Davis-Gardner / Venkata Viswanadh ...著者: Sanjeev Kumar / Anamika Patel / Lilin Lai / Chennareddy Chakravarthy / Rajesh Valanparambil / Elluri Seetharami Reddy / Kamalvishnu Gottimukkala / Meredith E Davis-Gardner / Venkata Viswanadh Edara / Susanne Linderman / Kaustuv Nayak / Kritika Dixit / Pragati Sharma / Prashant Bajpai / Vanshika Singh / Filipp Frank / Narayanaiah Cheedarla / Hans P Verkerke / Andrew S Neish / John D Roback / Grace Mantus / Pawan Kumar Goel / Manju Rahi / Carl W Davis / Jens Wrammert / Sucheta Godbole / Amy R Henry / Daniel C Douek / Mehul S Suthar / Rafi Ahmed / Eric Ortlund / Amit Sharma / Kaja Murali-Krishna / Anmol Chandele / 要旨: In this study, by characterizing several human monoclonal antibodies (mAbs) isolated from single B cells of the COVID-19-recovered individuals in India who experienced ancestral Wuhan strain (WA.1) ...In this study, by characterizing several human monoclonal antibodies (mAbs) isolated from single B cells of the COVID-19-recovered individuals in India who experienced ancestral Wuhan strain (WA.1) of SARS-CoV-2 during early stages of the pandemic, we found a receptor binding domain (RBD)-specific mAb 002-S21F2 that has rare gene usage and potently neutralized live viral isolates of SARS-CoV-2 variants including Alpha, Beta, Gamma, Delta, and Omicron sublineages (BA.1, BA.2, BA.2.12.1, BA.4, and BA.5) with IC ranging from 0.02 to 0.13 μg/ml. Structural studies of 002-S21F2 in complex with spike trimers of Omicron and WA.1 showed that it targets a conformationally conserved epitope on the outer face of RBD (class 3 surface) outside the ACE2-binding motif, thereby providing a mechanistic insights for its broad neutralization activity. The discovery of 002-S21F2 and the broadly neutralizing epitope it targets have timely implications for developing a broad range of therapeutic and vaccine interventions against SARS-CoV-2 variants including Omicron sublineages. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u0p.cif.gz | 717.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u0p.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7u0p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u0p_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7u0p_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7u0p_validation.xml.gz | 118.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u0p_validation.cif.gz | 179.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26262MC 7uplC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 133781.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | 分子量: 49323.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23648.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 297 K / 詳細: Wait time 20 seconds and blot time 3 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 79000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3863 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2249333 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129931 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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