+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u0h | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | State NE1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Overall model | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | RIBOSOME / ribosome biogenesis / DEAD-box ATPases / methyltransferase / nucleolus | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear exosome (RNase complex) / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear exosome (RNase complex) / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / pre-mRNA 5'-splice site binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / proteasome binding / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ATPase activator activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / ribonucleoprotein complex binding / ribosomal subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / proteasome complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / protein transport / ribosome biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Cruz, V.E. / Sekulski, K. / Peddada, N. / Erzberger, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Sequence-specific remodeling of a topologically complex RNP substrate by Spb4. 著者: Victor Emmanuel Cruz / Kamil Sekulski / Nagesh Peddada / Carolin Sailer / Sahana Balasubramanian / Christine S Weirich / Florian Stengel / Jan P Erzberger / 要旨: DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular ...DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular roles, most notably in driving large-scale RNA remodeling steps during the assembly of ribonucleoproteins (RNPs). We describe cryo-EM structures of 60S ribosomal biogenesis intermediates that reveal how context-specific RNA unwinding by the DEAD-box ATPase Spb4 results in extensive, sequence-specific remodeling of rRNA secondary structure. Multiple cis and trans interactions stabilize Spb4 in a post-catalytic, high-energy intermediate that drives the organization of the three-way junction at the base of rRNA domain IV. This mechanism explains how limited strand separation by DEAD-box ATPases is leveraged to provide non-equilibrium directionality and ensure efficient and accurate RNP assembly. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u0h.cif.gz | 2.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7u0h.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7u0h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u0h_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7u0h_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7u0h_validation.xml.gz | 219.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u0h_validation.cif.gz | 377.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26259MC 7nacC 7nadC 7nafC 7r6kC 7r6qC 7r72C 7r7aC 7r7cC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 126
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: GenBank: 2211412803 |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: GenBank: 1780004485 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 27786.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 |
+60S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 ABCEFGHLMNOPQRSTUVXYZacdefghijkp
-タンパク質 , 7種, 7分子 KWnswyz
#11: タンパク質 | 分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P38779 |
---|---|
#23: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P33201 |
#39: タンパク質 | 分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P53261 |
#44: タンパク質 | 分子量: 57798.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P40010 |
#47: タンパク質 | 分子量: 96656.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 参照: UniProt: P25582, 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase |
#48: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12522 |
#49: タンパク質 | 分子量: 12435.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P38202 |
-Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 bm
#28: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q02892 |
---|---|
#38: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1003.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 5種, 5分子 oqrtu
#40: タンパク質 | 分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P53927 |
---|---|
#42: タンパク質 | 分子量: 52667.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12080 |
#43: タンパク質 | 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: A6ZR80 |
#45: タンパク質 | 分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P40693 |
#46: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q07915 |
-非ポリマー , 2種, 5分子
#50: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|---|
#51: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Early nucleoplasmic 60S intermediate purified with tags on Nop53 and Spb1. タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#48 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 2.9 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.05 sec. / 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7398 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 978524 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|