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万見
- PDB-7u04: IOMA class antibody ACS101 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u04
タイトルIOMA class antibody ACS101
要素
  • IOMA class antibody ACS101 heavy chain
  • IOMA class antibody ACS101 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / IOMA / HIV / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Farokhi, E. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Consortia for HIV/AIDS Vaccine Development 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Identification of IOMA-class neutralizing antibodies targeting the CD4-binding site on the HIV-1 envelope glycoprotein.
著者: Jelle van Schooten / Elinaz Farokhi / Anna Schorcht / Tom L G M van den Kerkhof / Hongmei Gao / Patricia van der Woude / Judith A Burger / Tim G Rijkhold Meesters / Tom Bijl / Riham ...著者: Jelle van Schooten / Elinaz Farokhi / Anna Schorcht / Tom L G M van den Kerkhof / Hongmei Gao / Patricia van der Woude / Judith A Burger / Tim G Rijkhold Meesters / Tom Bijl / Riham Ghalaiyini / Hannah L Turner / Jessica Dorning / Barbera D C van Schaik / Antoine H C van Kampen / Celia C Labranche / Robyn L Stanfield / Devin Sok / David C Montefiori / Dennis R Burton / Michael S Seaman / Gabriel Ozorowski / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Marit J van Gils /
要旨: A major goal of current HIV-1 vaccine design efforts is to induce broadly neutralizing antibodies (bNAbs). The VH1-2-derived bNAb IOMA directed to the CD4-binding site of the HIV-1 envelope ...A major goal of current HIV-1 vaccine design efforts is to induce broadly neutralizing antibodies (bNAbs). The VH1-2-derived bNAb IOMA directed to the CD4-binding site of the HIV-1 envelope glycoprotein is of interest because, unlike the better-known VH1-2-derived VRC01-class bNAbs, it does not require a rare short light chain complementarity-determining region 3 (CDRL3). Here, we describe three IOMA-class NAbs, ACS101-103, with up to 37% breadth, that share many characteristics with IOMA, including an average-length CDRL3. Cryo-electron microscopy revealed that ACS101 shares interactions with those observed with other VH1-2 and VH1-46-class bNAbs, but exhibits a unique binding mode to residues in loop D. Analysis of longitudinal sequences from the patient suggests that a transmitter/founder-virus lacking the N276 glycan might have initiated the development of these NAbs. Together these data strengthen the rationale for germline-targeting vaccination strategies to induce IOMA-class bNAbs and provide a wealth of sequence and structural information to support such strategies.
履歴
登録2022年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IOMA class antibody ACS101 light chain
H: IOMA class antibody ACS101 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0185
ポリマ－47,7412
非ポリマー2763
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, This is a Fab that has one light and one heavy chain.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.130, 67.130, 199.293
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: 抗体 IOMA class antibody ACS101 light chain


分子量: 22900.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 IOMA class antibody ACS101 heavy chain


分子量: 24840.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% (v/v) glycerol, 0.1M of HEPES (pH 7.5), 5% (w/v) polyethylene glycol 3000 and 30% (v/v) polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→43.75 Å / Num. obs: 23788 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 47.22 Å2 / CC1/2: 0.88 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.31→2.34 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1113 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.49 / Rrim(I) all: 1.32 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D2P

6d2p


解像度: 2.31→43.75 Å / SU ML: 0.2895 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3666
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2562 1134 4.78 %
Rwork0.217 22592 -
obs0.2189 23726 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→43.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3301 0 18 77 3396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57724637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.06761207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.410.35261240.30562729X-RAY DIFFRACTION98.72
2.41-2.540.33111380.2712773X-RAY DIFFRACTION99.97
2.54-2.70.31281440.27342802X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.910.31191410.25582793X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.20.28771230.25092813X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.660.28061610.22572806X-RAY DIFFRACTION99.97
3.66-4.610.22641460.18672857X-RAY DIFFRACTION100
4.62-43.750.2121570.18513019X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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