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- PDB-7u02: Structure of the C. crescentus DriD C-domain bound to ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u02
タイトルStructure of the C. crescentus DriD C-domain bound to ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*G)-3')
  • WYL domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / DriD / DNA repair / SOS-independent repair / DidA
機能・相同性Protein PafC / WYL domain / WYL domain / DNA / WYL domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2022
タイトル: ssDNA is an allosteric regulator of the C. crescentus SOS-independent DNA damage response transcription activator, DriD.
著者: Gozzi, K. / Salinas, R. / Nguyen, V.D. / Laub, M.T. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2022年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: WYL domain-containing protein
H: DNA (5'-D(P*AP*CP*G)-3')
M: WYL domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6766
ポリマ－44,3883
非ポリマー2883
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.400, 87.400, 139.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 WYL domain-containing protein


分子量: 21750.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_1095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A999
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*G)-3')


分子量: 886.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.53 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.01 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→66.6 Å / Num. obs: 43538 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.033 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1977 / CC1/2: 0.334 / Rpim(I) all: 1.034 / Rsym value: 2.89

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.48→66.54 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 3080 7.32 %
Rwork0.2303 38971 -
obs0.2338 42051 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 242.07 Å2 / Biso mean: 117.7346 Å2 / Biso min: 49.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→66.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 62 15 2 3033
Biso mean--177.15 74.74 -
残基数----389
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.48-2.520.42561300.40991705183596
2.52-2.560.42011350.3671715185098
2.56-2.60.38561380.37161785192399
2.6-2.650.36271400.363417971937100
2.65-2.70.40231560.3517471903100
2.7-2.760.36961320.342618021934100
2.76-2.820.35611490.355317891938100
2.82-2.880.41491440.354517201864100
2.88-2.960.39041460.33151744189099
2.96-3.030.3961500.320318161966100
3.04-3.120.30941360.288117851921100
3.12-3.230.31340.278217801914100
3.23-3.340.34611460.271617861932100
3.34-3.470.37431400.251117581898100
3.47-3.630.25941460.244117671913100
3.63-3.820.29111390.22681764190399
3.82-4.060.26811320.229117721904100
4.06-4.380.24431340.185318081942100
4.38-4.820.24071380.180917671905100
4.82-5.510.19751330.186217941927100
5.52-6.940.25621380.224717791917100
6.95-66.540.26351440.194817911935100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.5975 Å / Origin y: 44.0495 Å / Origin z: 58.5775 Å
111213212223313233
T0.5169 Å20.1329 Å20.0433 Å2-0.9511 Å2-0.0454 Å2--0.6281 Å2
L1.5385 °20.4499 °21.3537 °2-1.1005 °2-0.316 °2--3.7215 °2
S-0.0907 Å °-0.4038 Å °0.2755 Å °0.2699 Å °0.0397 Å °0.1278 Å °-0.4044 Å °-0.4576 Å °0.0709 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB135 - 327
2X-RAY DIFFRACTION1allH3 - 20
3X-RAY DIFFRACTION1allI2 - 32
4X-RAY DIFFRACTION1allM136 - 327
5X-RAY DIFFRACTION1allT1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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