[日本語] English
万見
- PDB-7tzv: Structure of DriD C-domain bound to 9mer ssDNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tzv
タイトルStructure of DriD C-domain bound to 9mer ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*T)-3')
  • WYL domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / DriD / DNA repair / SOS-independent / WYL domain / wHTH
機能・相同性Protein PafC / WYL domain / WYL domain / DNA / WYL domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Laub, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2022
タイトル: ssDNA is an allosteric regulator of the C. crescentus SOS-independent DNA damage response transcription activator, DriD.
著者: Gozzi, K. / Salinas, R. / Nguyen, V.D. / Laub, M.T. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: WYL domain-containing protein
M: WYL domain-containing protein
J: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7723
ポリマ－46,7723
非ポリマー00
水8,035446
1
A: WYL domain-containing protein
M: WYL domain-containing protein

J: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7723
ポリマ－46,7723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area7050 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.023, 85.338, 93.326
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 WYL domain-containing protein


分子量: 22032.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A999
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*T)-3')


分子量: 2705.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M Imidazole, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.01 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→36.1 Å / Num. obs: 55422 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3432 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.978 / Rsym value: 1.245

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DriD Cdomain, p3121 form

解像度: 1.65→31.49 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 1998 3.61 %
Rwork0.1917 53424 -
obs0.1929 55422 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.17 Å2 / Biso mean: 37.8593 Å2 / Biso min: 17.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→31.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3015 179 0 446 3640
Biso mean---47.86 -
残基数----394
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.690.30471200.2953216333683
1.69-1.740.30181320.25343532366492
1.74-1.790.30741430.237738243967100
1.79-1.850.25221440.236838433987100
1.85-1.910.29561430.26738243967100
1.91-1.990.29231440.243538744018100
1.99-2.080.27521440.212538483992100
2.08-2.190.25491440.206638383982100
2.19-2.330.25461450.22183871401699
2.33-2.50.23731460.209638814027100
2.5-2.760.23141460.209139004046100
2.76-3.160.21591450.198639094054100
3.16-3.970.23641480.168439564104100
3.97-31.490.15651540.151941084262100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.0599 Å / Origin y: 2.1979 Å / Origin z: -8.0916 Å
111213212223313233
T0.1666 Å2-0.0091 Å2-0 Å2-0.1704 Å20.0002 Å2--0.2097 Å2
L0.7257 °2-0.3915 °20.1575 °2-1.0186 °2-0.2834 °2--0.9979 °2
S-0.0391 Å °-0.0377 Å °0.2014 Å °0.099 Å °-0.0128 Å °-0.0754 Å °-0.1239 Å °0.0899 Å °0.0519 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allM136 - 327
2X-RAY DIFFRACTION1allA135 - 327
3X-RAY DIFFRACTION1allJ16 - 24
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 463

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る