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- PDB-7tzt: Crystal structure of the E. coli thiM riboswitch in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tzt
タイトルCrystal structure of the E. coli thiM riboswitch in complex with N1,N1-dimethyl-N2-(quinoxalin-6-ylmethyl)ethane-1,2-diamine (linked compound 37)
要素RNA (79-MER)
キーワードRNA / thiM TPP riboswitch
機能・相同性6-methylquinoxaline / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Nuthanakanti, A. / Serganov, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112940 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: SHAPE-enabled fragment-based ligand discovery for RNA.
著者: Zeller, M.J. / Favorov, O. / Li, K. / Nuthanakanti, A. / Hussein, D. / Michaud, A. / Lafontaine, D.A. / Busan, S. / Serganov, A. / Aube, J. / Weeks, K.M.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (79-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1635
ポリマ－26,7991
非ポリマー3644
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.018, 61.018, 102.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Space group name HallP322(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: -y,-x,-z+1/3
#5: -x+y,y,-z+2/3
#6: x,x-y,-z

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要素

#1: RNA鎖 RNA (79-MER)


分子量: 26798.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-KXC / 6-methylquinoxaline


分子量: 230.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 % / 解説: large trigonal shaped crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The RNA (0.15 mM) was incubated in a buffer containing 5 mM Tris-HCl, pH 8.0, 3 mM MgCl2, 10 mM NaCl, 0.1 M KCl, and 0.5 mM spermine with 1.0 mM compound 38. Reservoir solution was 50 mM Bis- ...詳細: The RNA (0.15 mM) was incubated in a buffer containing 5 mM Tris-HCl, pH 8.0, 3 mM MgCl2, 10 mM NaCl, 0.1 M KCl, and 0.5 mM spermine with 1.0 mM compound 38. Reservoir solution was 50 mM Bis-Tris, pH 6.5, 0.5 M ammonium chloride, 15 mm MnCl2, and 28% (v/v) PEG2000
PH範囲: 6.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→50 Å / Num. obs: 4715 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 97.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 304.8
反射 シェル解像度: 2.93→2.98 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 3.612 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 238 / CC1/2: 0.637 / Rpim(I) all: 1.14 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER1.14_3260位相決定
Coot0.8.9.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HOJ

2hoj


解像度: 2.96→47 Å / SU ML: 0.3197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.9635
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 4715 9.93 %
Rwork0.2434 7902 -
obs0.2445 4715 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 115.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1655 14 0 1669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60462901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0326390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6256935
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.96-3.150.45971370.39181265X-RAY DIFFRACTION93.97
3.15-3.390.39021500.32151338X-RAY DIFFRACTION98.61
3.39-3.730.26641430.29141299X-RAY DIFFRACTION97.9
3.73-4.270.30051520.26041315X-RAY DIFFRACTION99.12
4.27-5.380.25151560.23821328X-RAY DIFFRACTION100
5.38-470.20741330.2031357X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.30212374089 Å / Origin y: 16.841211741 Å / Origin z: 5.43754207531 Å
111213212223313233
T0.685663005776 Å2-0.412798219492 Å2-0.0649324666564 Å2-0.00529678218144 Å20.0520193013509 Å2--0.251497051157 Å2
L0.136576582032 °20.129360935303 °20.0255139561372 °2-0.203406248141 °2-0.044277780593 °2--0.132181880406 °2
S0.0658325078211 Å °0.0817506027434 Å °0.252618332053 Å °-0.868636280827 Å °-0.0122083471605 Å °0.42858067413 Å °0.139212427147 Å °0.46613622091 Å °-2.17129811337E-9 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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