[日本語] English
万見
- PDB-7tzl: The DH dehydratase domain of AlnB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tzl
タイトルThe DH dehydratase domain of AlnB
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードLYASE / dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / : / : / : / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / polyketide biosynthetic process / : ...: / : / : / : / : / : / : / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / polyketide biosynthetic process / : / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily ...Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Carrier domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseofuscus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Swain, K. / Blackson, W. / Wang, B. / Zhao, H. / Nannenga, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI144967 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The programming of alpha,beta-polyene biosynthesis by a bacterial iterative type I polyketide synthase
著者: Wang, B. / Swain, K. / Guo, F. / Blackson, W. / Huang, C. / Chen, B. / Martin, T.A. / Nannenga, B.L. / Zhao, H.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5312
ポリマ－70,5312
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.938, 73.973, 129.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 15 through 226 or resid 232 through 292))
21(chain B and resid 15 through 292)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYASPASP(chain A and (resid 15 through 226 or resid 232 through 292))AA15 - 22636 - 247
12LYSLYSSERSER(chain A and (resid 15 through 226 or resid 232 through 292))AA232 - 292253 - 313
21GLYGLYSERSER(chain B and resid 15 through 292)BB15 - 29236 - 313

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999984, -0.000112, -0.005659), (2.6E-5, 0.999701, -0.024464), (0.00566, -0.024464, -0.999685)64.130943, 0.24273, 35.722919

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase / Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / Enoyl-[acyl- ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase / Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase / [Acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase


分子量: 35265.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseofuscus (バクテリア)
遺伝子: HEP81_06724 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7H1Q9H8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12 mg/mL, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 6.0, 29% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03316 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03316 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.37 Å / Num. obs: 24748 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 45.56 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.44 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1685 / CC1/2: 0.346 / % possible all: 67.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KG8

3kg8


解像度: 2.45→48.37 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2877 1154 5.09 %RANDOM
Rwork0.2464 21513 --
obs0.2485 22667 97.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.8 Å2 / Biso mean: 49.7169 Å2 / Biso min: 18.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4275 0 0 52 4327
Biso mean---49.42 -
残基数----542
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1634X-RAY DIFFRACTION4.253TORSIONAL
12B1634X-RAY DIFFRACTION4.253TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.560.42961230.45142224234783
2.56-2.70.34791570.35342661281898
2.7-2.870.35091190.287827422861100
2.87-3.090.30591630.277627302893100
3.09-3.40.28541480.237627272875100
3.4-3.890.29891350.22992756289199
3.89-4.90.22711560.19442782293899
4.9-48.370.27051530.22442891304499

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る