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万見
- PDB-7tzi: Structure of a pseudomurein peptide ligase type E from Methanothe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tzi
タイトルStructure of a pseudomurein peptide ligase type E from Methanothermobacter thermautotrophicus
要素Mur ligase family protein
キーワードLIGASE / Pseudomurein / pseudomurein peptide ligase / archaeal cell wall / Methanothermobacter thermautotrophicus / pMurE
機能・相同性
機能・相同性情報


acid-amino acid ligase activity / biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A ...Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mur ligase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.911 Å
データ登録者Carbone, V. / Schofield, L.R. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S. / Subedi, B.P.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandAGR1301 ニュージーランド
引用ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 2022
タイトル: Structural characterisation of methanogen pseudomurein cell wall peptide ligases homologous to bacterial MurE/F murein peptide ligases.
著者: Subedi, B.P. / Schofield, L.R. / Carbone, V. / Wolf, M. / Martin, W.F. / Ronimus, R.S. / Sutherland-Smith, A.J.
履歴
登録2022年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mur ligase family protein
B: Mur ligase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9352
ポリマ－97,9352
非ポリマー00
水55831
1
A: Mur ligase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9671
ポリマ－48,9671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mur ligase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9671
ポリマ－48,9671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.266, 127.423, 134.736
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mur ligase family protein


分子量: 48967.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: HA285_03230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7J4MVA9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM amino acids mix; 0.1 M buffer system 6, pH 8.5; 50% v/v precipitant mix of 25% w/v PEG4000 and 40% w/v 1,2,6-hexanetriol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→47.24 Å / Num. obs: 25647 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 68.4 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 3.92
反射 シェル解像度: 2.91→2.94 Å / Num. unique obs: 3964 / CC1/2: 0.834 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JT8

7jt8


解像度: 2.911→46.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.365
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2466 1257 -RANDOM
Rwork0.2119 ---
obs0.2135 25593 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.3928 Å20 Å20 Å2
2--3.9745 Å20 Å2
3---6.4183 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.911→46.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6825 0 0 31 6856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0096929HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg19404HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2434SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1209HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6929HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion950SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5494SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.68
LS精密化 シェル解像度: 2.911→2.94 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4388 24 -
Rwork0.3227 --
obs--81.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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