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万見
- PDB-7tzd: Solution NMR of the specialized apo-acyl carrier protein (RPA2022... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tzd
タイトルSolution NMR of the specialized apo-acyl carrier protein (RPA2022) from Rhodopseudomonas palustris, refined without RDCs. Northeast Structural Genomics Consortium Target RpR324
要素Specialized acyl carrier protein
キーワードTRANSFERASE / Acp-XL / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl carrier protein AcpXL
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ramelot, T.A. / Tejero, R. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: AlphaFold Models of Small Proteins Rival the Accuracy of Solution NMR Structures.
著者: Tejero, R. / Huang, Y.J. / Ramelot, T.A. / Montelione, G.T.
履歴
登録2022年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Specialized acyl carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3101
ポリマ－11,3101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Specialized acyl carrier protein


分子量: 11309.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA2022 / プラスミド: pET21-23C
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21 pMGK / 参照: UniProt: Q6N882

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験Sample state: isotropic / タイプ: 1D

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM MES, 200 mM NaCl, 5 mM CaCl, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 uM DSS, 1.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O
Label: NC sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMMESnatural abundance1
200 mMNaClnatural abundance1
5 mMCaClnatural abundance1
0.02 %NaN3natural abundance1
10 mMDTTnatural abundance1
5 uMDSSnatural abundance1
1.4 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
試料状態イオン強度: 200 mM / Label: 1 / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.1 / 温度: 298 K / Temperature err: 1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
PdbStat5.2Tejero, Snyder, Mao, Aramini, Montelioneデータ解析
NMRFAM-SPARKY3.19Lee, Westler, Bahrami, Eghbalnia, Markleypeak picking
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing2from constraints
simulated annealing5CNS water refinement
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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