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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7txy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the 2-Aminophenol 1,6-dioxygenase from the ARO bacterial microcompartment of Micromonospora rosaria | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / 2-aminophenol / dioxygenase | ||||||
機能・相同性 | Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B / Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase / : / dioxygenase activity / ferrous iron binding / : / 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Micromonospora rosaria (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Sutter, M. / Doron, L. / Kerfeld, C.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2023 タイトル: Characterization of a novel aromatic substrate-processing microcompartment in Actinobacteria. 著者: Doron, L. / Sutter, M. / Kerfeld, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7txy.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7txy.ent.gz | 700.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7txy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3vsgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30395.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Micromonospora rosaria (バクテリア) 遺伝子: AWW66_10320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A136PV43 #2: タンパク質 | 分子量: 37399.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Micromonospora rosaria (バクテリア) 遺伝子: AWW66_10325 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-FE2 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 28% PEG 8000, 400mM Ammonium acetate, 0.1M Tris pH 8.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→48.5 Å / Num. obs: 230720 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.173 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 11288 / CC1/2: 0.421 / Rrim(I) all: 1.659 / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3VSG 解像度: 1.75→46.14 Å / SU ML: 0.2438 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.5452 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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