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- PDB-7txy: Crystal structure of the 2-Aminophenol 1,6-dioxygenase from the A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7txy
タイトルCrystal structure of the 2-Aminophenol 1,6-dioxygenase from the ARO bacterial microcompartment of Micromonospora rosaria
要素
  • 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
  • 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 2-aminophenol (2-アミノフェノール) / dioxygenase
機能・相同性Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B / Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase / : / dioxygenase activity / ferrous iron binding / : / 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
機能・相同性情報
生物種Micromonospora rosaria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Sutter, M. / Doron, L. / Kerfeld, C.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-91ER20021 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Characterization of a novel aromatic substrate-processing microcompartment in Actinobacteria.
著者: Doron, L. / Sutter, M. / Kerfeld, C.A.
履歴
登録2022年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
B: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
C: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
D: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
E: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
F: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
G: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
H: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,40412
ポリマ－271,1818
非ポリマー2234
水23,7081316
1
A: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
B: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
C: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
D: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7026
ポリマ－135,5904
非ポリマー1122
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
F: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
G: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
H: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7026
ポリマ－135,5904
非ポリマー1122
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
B: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8513
ポリマ－67,7952
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
4
C: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
D: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8513
ポリマ－67,7952
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
5
E: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
F: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8513
ポリマ－67,7952
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
6
G: 2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha
H: 2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8513
ポリマ－67,7952
非ポリマー561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.800, 83.855, 110.272
Angle α, β, γ (deg.)85.590, 73.100, 89.260
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
2-amino-5-chlorophenol 1,6-dioxygenase subunit alpha


分子量: 30395.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora rosaria (バクテリア)
遺伝子: AWW66_10320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A136PV43
#2: タンパク質
2-aminophenol 1,6-dioxygenase subunit beta


分子量: 37399.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora rosaria (バクテリア)
遺伝子: AWW66_10325 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 28% PEG 8000, 400mM Ammonium acetate, 0.1M Tris pH 8.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.5 Å / Num. obs: 230720 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.173 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 11288 / CC1/2: 0.421 / Rrim(I) all: 1.659 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc1_4392精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VSG

3vsg


解像度: 1.75→46.14 Å / SU ML: 0.2438 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.5452
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 1984 0.86 %
Rwork0.194 228644 -
obs0.1942 230628 97.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17727 0 4 1316 19047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003218357
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59725124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04222709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00543329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.11772553
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.790.40171420.376616010X-RAY DIFFRACTION95.6
1.79-1.840.351380.341816164X-RAY DIFFRACTION96.08
1.84-1.90.39631310.319216211X-RAY DIFFRACTION96.27
1.9-1.960.32821570.297216169X-RAY DIFFRACTION96.37
1.96-2.030.32011370.273816246X-RAY DIFFRACTION96.71
2.03-2.110.27711420.24516259X-RAY DIFFRACTION96.89
2.11-2.20.26131350.235416316X-RAY DIFFRACTION97.11
2.2-2.320.28441520.226316335X-RAY DIFFRACTION97.38
2.32-2.470.22791460.215316399X-RAY DIFFRACTION97.62
2.47-2.660.2371420.207716430X-RAY DIFFRACTION97.83
2.66-2.920.2511390.20416437X-RAY DIFFRACTION98
2.92-3.350.26211440.19216532X-RAY DIFFRACTION98.36
3.35-4.220.18771440.15916552X-RAY DIFFRACTION98.61
4.22-46.140.13451350.144316584X-RAY DIFFRACTION98.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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