+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7txm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Oxidized Structure of RexT | ||||||
要素 | Transcriptional regulator | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / redox sensing transcriptional regulator | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å | ||||||
データ登録者 | Bridwell-Rabb, J. / Li, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Structural and mechanistic basis for redox sensing by the cyanobacterial transcription regulator RexT. 著者: Li, B. / Jo, M. / Liu, J. / Tian, J. / Canfield, R. / Bridwell-Rabb, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7txm.cif.gz | 61.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7txm.ent.gz | 39.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7txm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7txm_validation.pdf.gz | 688.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7txm_full_validation.pdf.gz | 690.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7txm_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7txm_validation.cif.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7txnC 7txoSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12800.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr1867 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YVV6 #2: 化合物 | ChemComp-PEO / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.03 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10 mM MES, pH 6.3, 0.2 M ammonium chloride, 20% v/v PEG3350, 24-32% v/v glycerol, hydrogen peroxide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→32.88 Å / Num. obs: 11404 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 41.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 19.44 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.22 Å / Rmerge(I) obs: 1.431 / Num. unique obs: 1145 / CC1/2: 0.712 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 7TXO 解像度: 2.16→32.88 Å / SU ML: 0.3116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.8718 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.16→32.88 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|