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万見
- PDB-7txm: Oxidized Structure of RexT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7txm
タイトルOxidized Structure of RexT
要素Transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / redox sensing transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix domain / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Helix-turn-helix domain / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROGEN PEROXIDE / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Bridwell-Rabb, J. / Li, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0021240 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and mechanistic basis for redox sensing by the cyanobacterial transcription regulator RexT.
著者: Li, B. / Jo, M. / Liu, J. / Tian, J. / Canfield, R. / Bridwell-Rabb, J.
履歴
登録2022年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6363
ポリマ－25,6022
非ポリマー341
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The biological unit is a dimer as evidenced by gel filtration chromatography and buried surface area.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.460, 100.460, 36.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator / RexT


分子量: 12800.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr1867 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YVV6
#2: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 mM MES, pH 6.3, 0.2 M ammonium chloride, 20% v/v PEG3350, 24-32% v/v glycerol, hydrogen peroxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→32.88 Å / Num. obs: 11404 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 41.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 19.44
反射 シェル解像度: 2.16→2.22 Å / Rmerge(I) obs: 1.431 / Num. unique obs: 1145 / CC1/2: 0.712

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS1.19.2_4158データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7TXO

7txo


解像度: 2.16→32.88 Å / SU ML: 0.3116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.8718
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1143 10.02 %
Rwork0.2002 10259 -
obs0.2058 11402 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→32.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1611 0 2 103 1716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00851661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15092241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0616254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.915639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.260.36931410.26771273X-RAY DIFFRACTION99.93
2.26-2.380.30881430.24161278X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.530.32171430.241251X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.720.28291420.22341276X-RAY DIFFRACTION99.93
2.72-30.27021410.23151279X-RAY DIFFRACTION100
3-3.430.25961460.20141269X-RAY DIFFRACTION99.93
3.43-4.320.23111420.17271288X-RAY DIFFRACTION99.93
4.32-32.880.22761450.18421345X-RAY DIFFRACTION99.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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