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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7txk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of EgtU solute binding domain from Streptococcus pneumoniae D39 in complex with L-ergothioneine | ||||||
要素 | Choline transporter (Glycine betaine transport system permease protein) | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / EGT / Soluble binding protein / SBP / ABC transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Discovery and structure of a widespread bacterial ABC transporter specific for ergothioneine. 著者: Zhang, Y. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Legg, K.A. / Walsh, B.J.C. / Pis Diez, C.M. / Edmonds, K.A. / Giedroc, D.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7txk.cif.gz | 399.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7txk.ent.gz | 275.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7txk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7txk_validation.pdf.gz | 998.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7txk_full_validation.pdf.gz | 1001.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7txk_validation.xml.gz | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7txk_validation.cif.gz | 41 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7txlC 4z7eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 30728.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌) 株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: proWX, SPD_1642 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2ZQB9 |
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-非ポリマー , 5種, 548分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-144 / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Sodium citrate tribasic pH 5.6, Potassium Sodium Tartrate 0.2 M and Ammonium Sulphate 1.8 - 2.0 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.07216 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07216 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→43.54 Å / Num. obs: 75117 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.82 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4251 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.4 / Rrim(I) all: 1.062 / Rsym value: 0.983 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4Z7E 解像度: 1.78→43.54 Å / SU ML: 0.1644 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.4183 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→43.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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