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- PDB-7txf: The allosteric binding mode of alphaD-conotoxin VxXXB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7txf
タイトルThe allosteric binding mode of alphaD-conotoxin VxXXB
要素
  • Acetylcholine-binding protein
  • Alpha-conotoxin VxXXB
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Alpha-conotoxin / Complex / ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN / CHOLINE-BINDING PROTEIN-ANTAGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / synapse / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin VxXXB / Acetylcholine-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
Conus vexillum (カバミナシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Ho, T.N.T. / Abraham, N. / Lewis, R.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2023
タイトル: Unravelling the allosteric binding mode of alpha D-VxXXB at nicotinic acetylcholine receptors.
著者: Ho, T.N. / Abraham, N. / Lewis, R.J.
履歴
登録2022年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年10月25日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
D: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
F: Alpha-conotoxin VxXXB
G: Alpha-conotoxin VxXXB
H: Alpha-conotoxin VxXXB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,2448
ポリマ－126,2448
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.909, 119.573, 150.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP


分子量: 23262.818 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58154
#2: タンパク質・ペプチド Alpha-conotoxin VxXXB / Vx20.2 / VxXIIB


分子量: 3309.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus vexillum (カバミナシ) / 参照: UniProt: P0C1W6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.91 M lithium chloride, 16% PEG6000 and 0.1 M MES monohydrate pH 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95365 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→46.36 Å / Num. obs: 45467 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.47→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 1.178 / Num. unique obs: 4181

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
MOSFLM3.27データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T90

5t90


解像度: 2.47→46.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 26.193 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.615 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24635 1876 4.4 %RANDOM
Rwork0.19826 ---
obs0.20033 41036 94.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å2-0 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→46.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8772 0 0 0 8772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0178985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0198176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8131.84512255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1292.64718851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.15251092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.48121.567504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.001151472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8971577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.764.7724401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.764.7714399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4287.1555482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4287.1555482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2485.1014584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2485.1014584
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.097.5146773
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.90755.5219530
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.90855.5119528
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.531 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 113 -
Rwork0.347 2400 -
obs--76.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4228-0.62160.24783.9249-1.52032.95430.0449-0.39970.14340.4944-0.1661-0.2386-0.43570.18430.12120.2596-0.0465-0.04310.18650.04260.05438.83218.23633.785
22.1807-0.5676-0.15773.8009-0.08261.24650.17620.2004-0.3248-0.2996-0.1185-0.26740.22550.0869-0.05770.16060.0312-0.00530.12570.01330.139922.3072.638-3.882
32.06330.1124-0.1422.90191.27283.6891-0.1182-0.2494-0.52910.3656-0.00110.24880.36930.0830.11940.2607-0.0249-0.02990.12340.17610.3361.426-7.88832.479
42.59630.3495-0.22962.2096-0.36633.2856-0.0950.0321-0.5957-0.0395-0.03470.06320.38210.10940.12980.28280.0179-0.04060.1130.02790.380310.045-17.2038.787
52.4348-0.345-0.68311.12430.41021.1829-0.0037-0.0998-0.0167-0.0092-0.0391-0.2374-0.1550.1650.04280.1324-0.0331-0.02750.08820.06460.087421.70124.3111.377
66.718-0.5061-3.062412.836-1.68153.97740.0425-0.14170.4289-0.38730.26510.1889-0.235-0.0322-0.30760.36760.0438-0.08690.24590.06910.2782-0.9075.78854.242
73.4433-0.9369-0.27599.51685.8866.2372-0.22810.2146-1.9434-0.09360.1169-0.27411.0428-0.25290.11120.84210.02490.18660.6681-0.10961.385422.555-21.711-11.898
86.13551.5738-4.75351.8307-0.325812.0891-0.5056-0.1949-0.3829-0.2275-0.399-0.17420.8967-0.33640.90470.5304-0.0239-0.03260.49890.09060.69942.138-31.21527.315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 205
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 205
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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