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万見
- PDB-7txe: Plasmodium falciparum Cyt c2 DSD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7txe
タイトルPlasmodium falciparum Cyt c2 DSD
要素Cytochrome c2
キーワードELECTRON TRANSPORT / alpha helix / heme / DSD / domain-swapped dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / : / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
Model detailsPlasmodium falciparum Cyt c2 forming a domain-swapped dimer complex
データ登録者Hill, C.P. / Wienkers, H.J. / Whitby, F.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133764 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Direct tests of cytochrome c and c1 functions in the electron transport chain of malaria parasites
著者: Espino-Sanchez, T.J. / Wienkers, H. / Marvin, R.G. / Nalder, S.A. / Garcia-Guerrero, A.E. / VanNatta, P.E. / Jami-Alahmadi, Y. / Mixon Blackwell, A. / Whitby, F.G. / Wohlschlegel, J.A. / ...著者: Espino-Sanchez, T.J. / Wienkers, H. / Marvin, R.G. / Nalder, S.A. / Garcia-Guerrero, A.E. / VanNatta, P.E. / Jami-Alahmadi, Y. / Mixon Blackwell, A. / Whitby, F.G. / Wohlschlegel, J.A. / Kieber-Emmons, M.T. / Hill, C.P. / Sigala, P.A.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c2
B: Cytochrome c2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2184
ポリマ－35,9812
非ポリマー1,2372
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, UV-vis confirms covalently bound heme. Size exclusion chromatography confirms the formation of a domain-swapping dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.440, 71.994, 78.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c2


分子量: 17990.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1311700 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I6T6
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.2 Å / Num. obs: 14274 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 102.7 % / Biso Wilson estimate: 31.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.693 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.696 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 1465254 / Scaling rejects: 423
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.38102.57.99614119513770.9220.7858.0352.599.4
8.9-39.285.30.0642517629510.0070.06551.899.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.1 Å31.81 Å
Translation4.1 Å31.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.2-4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7U2V

7u2v


解像度: 2.3→31.8 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2802 1403 9.96 %
Rwork0.2314 12688 -
obs0.2362 14091 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.7 Å2 / Biso mean: 52.8727 Å2 / Biso min: 23.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→31.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2104 0 146 36 2286
Biso mean--31.93 42.24 -
残基数----262
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.380.36111390.3103124499
2.38-2.480.30771390.2655124399
2.48-2.590.34331350.2535124399
2.59-2.730.31151440.2432124199
2.73-2.90.28731380.2388124799
2.9-3.120.30711350.2483126699
3.12-3.430.28231440.2326126399
3.43-3.930.26921410.22127599
3.93-4.950.28631400.18471301100
4.95-31.80.21791480.2401136599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.6489 Å / Origin y: -4.5863 Å / Origin z: 14.4242 Å
111213212223313233
T0.14 Å20.0114 Å20.0177 Å2-0.257 Å2-0.0094 Å2--0.5195 Å2
L1.8393 °20.7043 °20.1348 °2-1.5839 °2-0.0816 °2--0.3719 °2
S-0.0104 Å °0.046 Å °0.0867 Å °-0.1251 Å °0.0254 Å °0.0242 Å °-0.0352 Å °-0.002 Å °-0.0228 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA20 - 231
2X-RAY DIFFRACTION1allB20 - 231
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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