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- PDB-7tx9: Human Synaptotagmin-1 C2B Y312F Ca2+ bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tx9
タイトルHuman Synaptotagmin-1 C2B Y312F Ca2+ bound
要素Synaptotagmin
キーワードEXOCYTOSIS / C2 domain / AD3 / C2B / Greek Key / synaptotagmin
機能・相同性
機能・相同性情報


chromaffin granule membrane / synaptic vesicle membrane / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / Synaptotagmin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Dominguez, M.J. / Karmakar, S. / Fuson, K.L. / Sutton, R.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)1R21MH070589-01 米国
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2024
タイトル: The AD3 locus of synaptotagmin-1 C2 domains modulates domain stability.
著者: Dominguez, M.J. / Bui, A.A. / Villarreal, J. / Snow, A. / Karmakar, S. / Harsini, F.M. / Rock, P.J. / Rice, A.M. / Fuson, K.L. / Sutton, R.B.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4349
ポリマ－17,8641
非ポリマー5708
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.290, 54.290, 102.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Synaptotagmin


分子量: 17863.818 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 269-419 / 変異: Y312F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: orginally cloned from human brain cDNA library / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: brain / 遺伝子: SYT1, hCG_2016754 / プラスミド: p202 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J3KQA0

-
非ポリマー , 5種, 128分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.5,200 mM ammonium sulfate, 50% w/v PEG 2000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.09717 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.09717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→34.61 Å / Num. obs: 38659 / % possible obs: 96.38 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 14.95 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06678 / Rpim(I) all: 0.01733 / Rrim(I) all: 0.06914 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.34→1.38 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 1.244 / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 3196 / CC1/2: 0.407 / CC star: 0.761 / Rpim(I) all: 0.8528 / Rrim(I) all: 1.519 / % possible all: 80.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
xia2データ削減
xia2データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6tz3

6tz3


解像度: 1.34→34.61 Å / SU ML: 0.1802 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.2005
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1883 2004 5.2 %
Rwork0.1693 36540 -
obs0.1703 38544 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→34.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1184 0 28 120 1332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00921360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20131846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0864202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0316531
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.34-1.370.37431110.37192085X-RAY DIFFRACTION77.96
1.37-1.410.37131300.35952398X-RAY DIFFRACTION89.74
1.41-1.450.34251380.32622599X-RAY DIFFRACTION97.3
1.45-1.50.25081480.24372642X-RAY DIFFRACTION99.32
1.5-1.550.26781500.2412637X-RAY DIFFRACTION98.38
1.55-1.610.32311340.31422542X-RAY DIFFRACTION95.13
1.61-1.690.18281460.16022689X-RAY DIFFRACTION99.96
1.69-1.780.26491370.23492511X-RAY DIFFRACTION93.5
1.78-1.890.16811510.13092676X-RAY DIFFRACTION99.61
1.89-2.030.17791470.1422670X-RAY DIFFRACTION99.02
2.03-2.240.12791530.10752722X-RAY DIFFRACTION99.9
2.24-2.560.16171450.11962739X-RAY DIFFRACTION99.79
2.56-3.230.1611530.15112738X-RAY DIFFRACTION99.48
3.23-34.610.1711610.16252892X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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