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- PDB-7twd: Structure of AAGAB C-terminal dimerization domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7twd
タイトルStructure of AAGAB C-terminal dimerization domain
要素Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34
キーワードCHAPERONE / protein binding / membrane trafficking / AP Complex
機能・相同性Alpha/gamma-adaptin-binding protein p34 / protein transport / nuclear speck / cytosol / cytoplasm / PHOSPHATE ION / Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Tian, Y. / Yin, Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138685 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Oligomer-to-monomer transition underlies the chaperone function of AAGAB in AP1/AP2 assembly.
著者: Tian, Y. / Datta, I. / Yang, R. / Wan, C. / Wang, B. / Crisman, L. / He, H. / Brautigam, C.A. / Li, S. / Shen, J. / Yin, Q.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34
B: Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5584
ポリマ－10,3682
非ポリマー1902
水1,33374
1
A: Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34
B: Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34
ヘテロ分子

A: Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34
B: Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1168
ポリマ－20,7364
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_454y-1,-x+y,z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)47.539, 47.539, 191.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Alpha- and gamma-adaptin-binding protein p34


分子量: 5184.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AAGAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PD74
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% glycerol, 0.5 M ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9351 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 22.72 Å2 / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.213 / Χ2: 0.458 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 1.58 / Mean I/σ(I) obs: 0.929 / Num. unique obs: 900 / CC1/2: 0.38 / CC star: 0.742 / Rpim(I) all: 0.479 / Rrim(I) all: 1.658 / Χ2: 0.458 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.11→40.25 Å / SU ML: 0.2164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.4306
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 801 10.01 %
Rwork0.2125 7198 -
obs0.2172 7999 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→40.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数723 0 10 74 807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0017763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44391020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0287104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1.6418652
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.240.29811300.25561169X-RAY DIFFRACTION99.92
2.24-2.420.31111290.22941171X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.660.28811320.20981182X-RAY DIFFRACTION99.92
2.66-3.040.27651320.21511187X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.830.21251350.1941212X-RAY DIFFRACTION99.19
3.83-40.250.25171430.20891277X-RAY DIFFRACTION94.86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.1235768997 Å / Origin y: 10.4592267274 Å / Origin z: -1.3874935756 Å
111213212223313233
T0.227619564393 Å2-0.0137761877942 Å2-0.0419396608322 Å2-0.050060053266 Å2-0.00269369905998 Å2--0.185332740203 Å2
L1.30739737523 °20.0763836534454 °20.696177313807 °2-0.735707003782 °20.101914878785 °2--1.80733159376 °2
S0.0257481378697 Å °0.0419038753117 Å °-0.636471458411 Å °0.0161397982192 Å °0.347407169419 Å °-0.0674086658862 Å °0.853628334205 Å °0.128562084714 Å °-0.140085524503 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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