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- PDB-7twa: Crystal structure of apo BesC from Streptomyces cattleya -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7twa
タイトルCrystal structure of apo BesC from Streptomyces cattleya
要素4-chloro-allylglycine synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Heme-Oxygenase-like Diiron Oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-chloro-allylglycine synthase activity / L-propargylglycine biosynthetic process / L-beta-ethynylserine biosynthetic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素 / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Iron-containing redox enzyme / Iron-containing redox enzyme / Pyrroloquinoline-quinone synthase-like / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1,3-BUTANEDIOL / 4-chloro-allylglycine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces cattleya (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Neugebauer, M.E. / McBride, M.J. / Boal, A.K. / Chang, M.C.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Substrate-Triggered mu-Peroxodiiron(III) Intermediate in the 4-Chloro-l-Lysine-Fragmenting Heme-Oxygenase-like Diiron Oxidase (HDO) BesC: Substrate Dissociation from, and C4 Targeting by, the Intermediate.
著者: McBride, M.J. / Nair, M.A. / Sil, D. / Slater, J.W. / Neugebauer, M.E. / Chang, M.C.Y. / Boal, A.K. / Krebs, C. / Bollinger Jr., J.M.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-chloro-allylglycine synthase
B: 4-chloro-allylglycine synthase
C: 4-chloro-allylglycine synthase
D: 4-chloro-allylglycine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,67516
ポリマ－119,0464
非ポリマー62912
水17,078948
1
A: 4-chloro-allylglycine synthase
D: 4-chloro-allylglycine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8959
ポリマ－59,5232
非ポリマー3727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
2
B: 4-chloro-allylglycine synthase
ヘテロ分子

C: 4-chloro-allylglycine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7807
ポリマ－59,5232
非ポリマー2575
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544-x,y-1/2,-z-11
Buried area3090 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.917, 68.977, 126.748
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
4-chloro-allylglycine synthase / L-2-amino-4-chloropent-4-enoate synthase


分子量: 29761.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (バクテリア)
遺伝子: besC, SCATT_p06890 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: F8JJ25, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素

-
非ポリマー , 6種, 960分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-BU2 / 1,3-BUTANEDIOL / (S)-1,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 948 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 % / 解説: small hexagonal plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: SeMet crystals were prepared by micro-seeding equal volumes of protein solution (10 mg/mL BesC in 50 mM HEPES pH 7.5 and 1 mM TCEP) and reservoir solution (calcium acetate (0.6 mM), PEG 3350 ...詳細: SeMet crystals were prepared by micro-seeding equal volumes of protein solution (10 mg/mL BesC in 50 mM HEPES pH 7.5 and 1 mM TCEP) and reservoir solution (calcium acetate (0.6 mM), PEG 3350 (25% (v/v)) and 1,3 butane-diol (4%))

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データ収集

回折平均測定温度: 194 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.95368 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月14日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95368 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 1.7→126.75 Å / Num. obs: 115301 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 941610 / Scaling rejects: 78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.736.80.6353634553780.9170.2580.6882.694.6
9.31-126.758.10.06161537550.9990.0220.06532.999.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.13位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→126.748 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 34.43 / 位相誤差: 36.02 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 5740 4.98 %
Rwork0.1988 109463 -
obs0.2355 115276 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.1 Å2 / Biso mean: 20.2981 Å2 / Biso min: 8.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→126.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7222 0 39 948 8209
Biso mean--23.97 24.85 -
残基数----889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5410050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1232731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381070
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031318
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7004-1.72970.38822220.35045194541691
1.7297-1.76120.37273130.36565438575194
1.7612-1.7950.36482940.35985437573195
1.795-1.83170.40132840.35995456574095
1.8317-1.87150.4223420.3465438578094
1.8715-1.9150.38742800.33735473575395
1.915-1.96290.36482870.32285466575395
1.9629-2.0160.36323170.30785375569294
2.016-2.07530.29622940.29385486578095
2.0753-2.14230.34972360.29135529576596
2.1423-2.21890.30332430.27755525576896
2.2189-2.30770.27223420.26915409575194
2.3077-2.41270.26542520.24895503575596
2.4127-2.53990.27263360.2385485582194
2.5399-2.6990.28552720.23125496576895
2.699-2.90740.28672720.22325517578995
2.9074-3.19980.28012690.19775537580695
3.1998-3.66260.2422890.18535491578095
3.6626-4.61360.24442720.1575576584895
4.6136-42.26240.22853180.18065632595095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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