PDB-7tvr: Structure of the ribbon isoform of the novel conotoxin PnID deriv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tvr

タイトル

Structure of the ribbon isoform of the novel conotoxin PnID derived from Conus pennaceus

要素

Chi-conotoxin-like PnMRCL-013

キーワード

TOXIN / Venom peptide / conotoxin

機能・相同性

T-superfamily conotoxin / chi-Conotoxin or t superfamily / toxin activity / extracellular region / Chi-conotoxin PnID

機能・相同性情報

生物種

Conus pennaceus (アジロイモ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Loening, N.M. / Espiritu, M.J.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	1917696	米国
Other private	M. J. Murdock Charitable Trust Grant 201811283
United States Department of Agriculture (USDA)	HATCH (HAW00595-R)	米国
United States Department of Agriculture (USDA)	NIFA (#2011-37610-31182)	米国
Other government	Fulbright - Philippine Agriculture Scholarship Program for Advanced Research
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)	DA00522	米国

引用

ジャーナル: Mar Drugs / 年: 2023
タイトル: Characterization of the Native Disulfide Isomers of the Novel chi-Conotoxin PnID: Implications for Further Increasing Conotoxin Diversity.
著者: Espiritu, M.J. / Taylor, J.K. / Sugai, C.K. / Thapa, P. / Loening, N.M. / Gusman, E. / Baoanan, Z.G. / Baumann, M.H. / Bingham, J.P.

履歴

登録	2022年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tvr.cif.gz	62.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tvr.ent.gz	41.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/7tvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/7tvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tvqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30992Structure of the ribbon isoform of the novel conotoxin PnID derived from Conus pennaceus

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chi-conotoxin-like PnMRCL-013

1.32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Chi-conotoxin-like PnMRCL-013 分子量: 1321.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus pennaceus (アジロイモ) / 参照: UniProt: Q9BPE9
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 1 mM PnID (ribbon form), 0.2 mM DSS, 95% H2O/5% D2O / 詳細: pH adjusted to 4.0 with HCl. / Label: PnID_b / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	PnID (ribbon form)	natural abundance	1
0.2 mM	DSS	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 4 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K / Temperature err: 0.1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: room temperature TXI probe

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.21	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
ARIA	2.3.2	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
CcpNmr Analysis	2.5.2	CCPN	chemical shift assignment
TopSpin	4.1.3	Bruker Biospin	解析

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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