[日本語] English
万見
- PDB-7tv2: X-ray crystal structure of HIV-2 CA protein CTD -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tv2
タイトルX-ray crystal structure of HIV-2 CA protein CTD
要素Capsid protein p24
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, N-terminal / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc finger, CCHC-type superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37-AI064064 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35-GM118047 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: HIV-2 Immature Particle Morphology Provides Insights into Gag Lattice Stability and Virus Maturation.
著者: Nathaniel Talledge / Huixin Yang / Ke Shi / Raffaele Coray / Guichuan Yu / William G Arndt / Shuyu Meng / Gloria C Baxter / Luiza M Mendonça / Daniel Castaño-Díez / Hideki Aihara / Louis M ...著者: Nathaniel Talledge / Huixin Yang / Ke Shi / Raffaele Coray / Guichuan Yu / William G Arndt / Shuyu Meng / Gloria C Baxter / Luiza M Mendonça / Daniel Castaño-Díez / Hideki Aihara / Louis M Mansky / Wei Zhang /
要旨: Retrovirus immature particle morphology consists of a membrane enclosed, pleomorphic, spherical and incomplete lattice of Gag hexamers. Previously, we demonstrated that human immunodeficiency virus ...Retrovirus immature particle morphology consists of a membrane enclosed, pleomorphic, spherical and incomplete lattice of Gag hexamers. Previously, we demonstrated that human immunodeficiency virus type 2 (HIV-2) immature particles possess a distinct and extensive Gag lattice morphology. To better understand the nature of the continuously curved hexagonal Gag lattice, we have used the single particle cryo-electron microscopy method to determine the HIV-2 Gag lattice structure for immature virions. The reconstruction map at 5.5 Å resolution revealed a stable, wineglass-shaped Gag hexamer structure with structural features consistent with other lentiviral immature Gag lattice structures. Cryo-electron tomography provided evidence for nearly complete ordered Gag lattice structures in HIV-2 immature particles. We also solved a 1.98 Å resolution crystal structure of the carboxyl-terminal domain (CTD) of the HIV-2 capsid (CA) protein that identified a structured helix 12 supported via an interaction of helix 10 in the absence of the SP1 region of Gag. Residues at the helix 10-12 interface proved critical in maintaining HIV-2 particle release and infectivity. Taken together, our findings provide the first 3D organization of HIV-2 immature Gag lattice and important insights into both HIV Gag lattice stabilization and virus maturation.
履歴
登録2022年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7131
ポリマ－9,7131
非ポリマー00
水45025
1
A: Capsid protein p24

A: Capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4262
ポリマ－19,4262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1240 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.813, 30.919, 46.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / Matrix protein p17 / Nucleocapsid protein p7


分子量: 9713.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7D6CKX3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.2 M tri-sodium citrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→26.12 Å / Num. obs: 4761 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 35.28 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 12687
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.98-2.032.60.2579083480.9620.1840.3183.196.4
9.07-26.122.70.03146540.9990.0220.03721.590.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AXX

6axx


解像度: 1.98→24.41 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 237 4.99 %
Rwork0.2035 4513 -
obs0.2056 4750 95.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.07 Å2 / Biso mean: 51.1976 Å2 / Biso min: 24.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→24.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数652 0 0 25 677
Biso mean---46.63 -
残基数----84
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.98-2.050.3189270.307345848596
2.05-2.130.306250.256644246797
2.13-2.230.274180.270246147996
2.23-2.350.2192170.250144646398
2.35-2.490.365200.242246448497
2.49-2.690.3161250.220145247797
2.69-2.960.2787290.227344547496
2.96-3.380.2365420.205644048297
3.38-4.250.1955230.181643846191
4.26-24.410.215110.164246747892
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.59455.5753-5.90227.6362-6.96487.71440.6249-0.99190.73270.7189-0.47360.2575-1.38390.3916-0.12240.3306-0.01510.05090.4148-0.00520.36797.7227-6.350341.1235
25.9727-2.24883.3263.9609-4.8896.1541-0.2645-0.3561-0.08930.4748-0.0858-0.2483-0.01240.36350.31710.32130.0310.04930.4265-0.05330.256411.9173-13.90839.7549
33.61173.5114-3.35459.0175-3.11993.5796-1.07810.1964-1.972-0.5901-0.0616-1.01290.7981-0.69051.10350.4299-0.04660.17650.5607-0.02070.67373.5929-22.201343.2963
45.9858-1.2012-0.81090.5832-0.09356.0940.07620.74240.3156-0.14110.42760.2990.0253-1.341-0.43540.2755-0.02530.04220.81070.21730.4025-0.1532-11.721832.7037
52.7446-1.18770.63787.3891-4.47043.5904-0.04810.87230.3625-0.73490.5333-0.20710.6315-0.2274-0.27650.3833-0.13440.05540.74710.05820.33677.7168-8.875822.4615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 282 through 294 )A282 - 294
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 295 through 309 )A295 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 310 through 321 )A310 - 321
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 322 through 344 )A322 - 344
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 345 through 365 )A345 - 365

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る