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- PDB-7tuv: Crystal structure of the exoribonucleolytic module of T. brucei RRP44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tuv
タイトルCrystal structure of the exoribonucleolytic module of T. brucei RRP44
要素
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*U)-3')
  • Ribonuclease RRP44
キーワードHYDROLASE/RNA / ribonuclease / RNaseII family / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / RNA / Rrp44p homologue
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.225 Å
データ登録者Cesaro, G. / Guimaraes, B.G.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)442323/2019-0 ブラジル
Other governmentInova-3501948026 ブラジル
Other governmentCAPES-COFECUB 862/2015 ブラジル
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Trypanosoma brucei RRP44: a versatile enzyme for processing structured and non-structured RNA substrates.
著者: Cesaro, G. / da Soler, H.T. / Guerra-Slompo, E.P. / Haouz, A. / Legrand, P. / Zanchin, N.I.T. / Guimaraes, B.G.
履歴
登録2022年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease RRP44
B: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9905
ポリマ－85,6172
非ポリマー3733
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area31860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.296, 91.113, 148.305
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease RRP44


分子量: 84359.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: RRP44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95Z12
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*U)-3')


分子量: 1257.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 15% (w/v) PEG 20000, 0.1 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.225→77.632 Å / Num. obs: 24678 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 24 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.225→2.554 Å / Num. unique obs: 1235 / CC1/2: 0.632 / % possible all: 70.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 2.225→77.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU R Cruickshank DPI: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 1.264 / SU Rfree Blow DPI: 0.345 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.344
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2647 1292 -RANDOM
Rwork0.1941 ---
obs0.1977 24678 55 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.2273 Å20 Å20 Å2
2---9.5586 Å20 Å2
3---4.3312 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.225→77.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5331 0 110 253 5694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095554HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.967540HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1934SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes951HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5554HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion718SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4407SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.7
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.43 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3757 23 -
Rwork0.2712 --
obs0.2762 494 4.9 %
精密化 TLSOrigin x: 29.5012 Å / Origin y: -9.2357 Å / Origin z: 21.9302 Å
111213212223313233
T0.0146 Å2-0.0587 Å20.0344 Å2--0.2148 Å2-0.0314 Å2---0.0609 Å2
L0.8346 °2-0.2702 °20.2362 °2-1.0256 °2-0.1465 °2--0.7124 °2
S-0.084 Å °-0.1232 Å °0.0212 Å °-0.1232 Å °0.0091 Å °-0.0158 Å °0.0212 Å °-0.0158 Å °0.0749 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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