PDB-7tui: Structure of C. albicans FAS in an inhibited state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tui

タイトル

Structure of C. albicans FAS in an inhibited state

要素

Fatty acid synthase subunit alpha
Fatty acid synthase subunit beta

キーワード

TRANSFERASE / Fatty acid synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

mitotic nuclear membrane biogenesis / palmitic acid biosynthetic process / fatty-acyl-CoA synthase system / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity ...
類似検索 - 分子機能

UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 - #70 / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, insertion domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain ...UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 - #70 / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, insertion domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / Fatty acid synthase type I, helical / Fatty acid synthase type I helical domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / : / : / Fatty acid synthase / N-terminal of MaoC-like dehydratase / FAS1-like, dehydratase domain region / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / HotDog domain superfamily / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Lou, J.W. / Mazhab-Jafari, M.T.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Not published
タイトル: Structure of C. albicans FAS in an inhibited state.
著者: Mazhab-Jafari, M.T. / Lou, J.W.

履歴

登録	2022年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月12日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_3d_fitting_list Item: _citation.journal_abbrev / _em_3d_fitting_list.accession_code ..._citation.journal_abbrev / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tui.cif.gz	616.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tui.ent.gz	495.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tui.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tui_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tui_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7tui_validation.xml.gz	97.6 KB	表示
CIF形式データ	7tui_validation.cif.gz	146.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tui	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	26132MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (17) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid synthase subunit alpha

B: Fatty acid synthase subunit beta

ヘテロ分子

436 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

#1: タンパク質	Fatty acid synthase subunit alpha 分子量: 207703.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) 参照: UniProt: P43098, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: タンパク質	Fatty acid synthase subunit beta 分子量: 228177.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) 参照: UniProt: P34731, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH), [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, ...参照: UniProt: P34731, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH), [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: fatty acid synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量	値: 2.6 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Candida albicans (酵母)
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	3	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	cryoSPARC	3	CTF補正
7	PHENIX		モデルフィッティング
8	Coot		モデルフィッティング
10	cryoSPARC		初期オイラー角割当
11	cryoSPARC		最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	3	３次元再構成
14	PHENIX		モデル精密化
15	Coot		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: D₃ (2回x3回 2面回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 252339 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 6U5V

6u5v

Accession code: 6U5V / Source name: PDB / タイプ: experimental model

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.005	27979
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.775	37909
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.916	3728
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.049	4222
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	4878

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)