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- PDB-7tty: Crystal structure of potent neutralizing antibody 10-40 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tty
タイトルCrystal structure of potent neutralizing antibody 10-40 in complex with bat WIV1 receptor-binding domain
要素
  • 1040 heavy chain
  • 1040 light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SarbecoVirus / WIV1 RBD / Viral protein / Spike glycoprotein / Receptor Binding Protein / Neutralizing antibody / potent / 10-40 / Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bat SARS-like coronavirus WIV1 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Reddem, E.R. / Shapiro, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Jack Ma Foundation 中国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022
タイトル: An antibody class with a common CDRH3 motif broadly neutralizes sarbecoviruses.
著者: Lihong Liu / Sho Iketani / Yicheng Guo / Eswar R Reddem / Ryan G Casner / Manoj S Nair / Jian Yu / Jasper F-W Chan / Maple Wang / Gabriele Cerutti / Zhiteng Li / Nicholas C Morano / Candace D ...著者: Lihong Liu / Sho Iketani / Yicheng Guo / Eswar R Reddem / Ryan G Casner / Manoj S Nair / Jian Yu / Jasper F-W Chan / Maple Wang / Gabriele Cerutti / Zhiteng Li / Nicholas C Morano / Candace D Castagna / Laura Corredor / Hin Chu / Shuofeng Yuan / Vincent Kwok-Man Poon / Chris Chun-Sing Chan / Zhiwei Chen / Yang Luo / Marcus Cunningham / Alejandro Chavez / Michael T Yin / David S Perlin / Moriya Tsuji / Kwok-Yung Yuen / Peter D Kwong / Zizhang Sheng / Yaoxing Huang / Lawrence Shapiro / David D Ho /
要旨: The devastation caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has made clear the importance of pandemic preparedness. To address future zoonotic outbreaks due to related ...The devastation caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has made clear the importance of pandemic preparedness. To address future zoonotic outbreaks due to related viruses in the sarbecovirus subgenus, we identified a human monoclonal antibody, 10-40, that neutralized or bound all sarbecoviruses tested in vitro and protected against SARS-CoV-2 and SARS-CoV in vivo. Comparative studies with other receptor-binding domain (RBD)-directed antibodies showed 10-40 to have the greatest breadth against sarbecoviruses, suggesting that 10-40 is a promising agent for pandemic preparedness. Moreover, structural analyses on 10-40 and similar antibodies not only defined an epitope cluster in the inner face of the RBD that is well conserved among sarbecoviruses but also uncovered a distinct antibody class with a common CDRH3 motif. Our analyses also suggested that elicitation of this class of antibodies may not be overly difficult, an observation that bodes well for the development of a pan-sarbecovirus vaccine.
履歴
登録2022年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: 1040 heavy chain
L: 1040 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1374
ポリマ－69,7133
非ポリマー4241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area28270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.311, 69.546, 95.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.631, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 21979.701 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor-binding domain (UNP residues 322-515) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bat SARS-like coronavirus WIV1 (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: U5WI05
#2: 抗体 1040 heavy chain


分子量: 24794.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 1040 light chain


分子量: 22938.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 20% propanol, 20% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→91.69 Å / Num. obs: 11493 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 79.5 Å2 / CC1/2: 0.943 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.165 / Rrim(I) all: 0.4 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.19-3.416.91.7919300.3520.8010.999.8
8-106.60.2575240.9560.1070.27999.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7SD5

7sd5


解像度: 3.11→91.69 Å / SU ML: 0.5979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.8545
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3293 1148 9.99 %
Rwork0.2346 10345 -
obs0.244 11493 97.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→91.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4854 0 28 0 4882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01545030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.91656867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1036765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0132877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7724703
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.11-3.250.3881250.31651082X-RAY DIFFRACTION82.73
3.25-3.420.36791460.31611316X-RAY DIFFRACTION98.98
3.42-3.630.39661460.28721324X-RAY DIFFRACTION99.86
3.64-3.920.35091450.2611313X-RAY DIFFRACTION99.86
3.92-4.310.32331440.22261306X-RAY DIFFRACTION98.17
4.31-4.930.28951460.18821318X-RAY DIFFRACTION99.93
4.93-6.210.3181490.21231329X-RAY DIFFRACTION100
6.22-100.32881470.24161357X-RAY DIFFRACTION98.82
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.269 Å / Origin y: -3.966 Å / Origin z: 24.866 Å
111213212223313233
T0.736715964917 Å2-0.0393751223026 Å2-0.00706393274509 Å2-0.644163463301 Å20.075053836159 Å2--0.695323092954 Å2
L0.177802884874 °2-0.144697239426 °2-0.269273022737 °2-0.171865492611 °20.216553406814 °2--0.389223825776 °2
S-0.0860455459915 Å °0.00576995591222 Å °-0.081386239563 Å °0.0417402895934 Å °0.110296165592 Å °0.115617015725 Å °-0.163513827367 Å °0.0223881622179 Å °1.05281677308E-5 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 334:528 ) OR ( CHAIN H AND RESID 1:216 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:210 )A334 - 528
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 334:528 ) OR ( CHAIN H AND RESID 1:216 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:210 )H1 - 216
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 334:528 ) OR ( CHAIN H AND RESID 1:216 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:210 )L1 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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