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- PDB-7tsw: Crystal Structure Of Human NADH-Cytochrome B5 Reductase T117D Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tsw
タイトルCrystal Structure Of Human NADH-Cytochrome B5 Reductase T117D Mutant
要素NADH-cytochrome b5 reductase 3
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric-oxide synthase complex / cytochrome-b5 reductase / Vitamin C (ascorbate) metabolism / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / Phase I - Functionalization of compounds / blood circulation / cholesterol biosynthetic process / hemoglobin complex / lipid droplet / nitric oxide biosynthetic process ...nitric-oxide synthase complex / cytochrome-b5 reductase / Vitamin C (ascorbate) metabolism / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / Phase I - Functionalization of compounds / blood circulation / cholesterol biosynthetic process / hemoglobin complex / lipid droplet / nitric oxide biosynthetic process / FAD binding / mitochondrial membrane / azurophil granule lumen / mitochondrial outer membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular region / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADH:cytochrome b5 reductase-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH-cytochrome b5 reductase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zheng, A. / Thibodeau, P.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122091 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure Of wild-type Human NADH-Cytochrome B5 Reductase and mutants
著者: Zheng, A. / Thibodeau, P.H.
履歴
登録2022年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-cytochrome b5 reductase 3
B: NADH-cytochrome b5 reductase 3
C: NADH-cytochrome b5 reductase 3
D: NADH-cytochrome b5 reductase 3
E: NADH-cytochrome b5 reductase 3
F: NADH-cytochrome b5 reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,70912
ポリマ－186,9966
非ポリマー4,7136
水5,765320
1
A: NADH-cytochrome b5 reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9522
ポリマ－31,1661
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NADH-cytochrome b5 reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9522
ポリマ－31,1661
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NADH-cytochrome b5 reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9522
ポリマ－31,1661
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NADH-cytochrome b5 reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9522
ポリマ－31,1661
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: NADH-cytochrome b5 reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9522
ポリマ－31,1661
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: NADH-cytochrome b5 reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9522
ポリマ－31,1661
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)162.562, 79.986, 172.358
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.672, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
NADH-cytochrome b5 reductase 3


分子量: 31165.955 Da / 分子数: 6 / 変異: T117D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYB5R3, DIA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00387
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4K 10%, 0.1M Tris-HCl pH 8.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.03 Å / Num. obs: 80627 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 7.71 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 8.62 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 7363 / Rrim(I) all: 0.5 / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1umk

1umk


解像度: 2.4→38.66 Å / SU ML: 0.3781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.8546
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 1999 2.48 %
Rwork0.2266 78547 -
obs0.2276 80546 93.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12918 0 318 320 13556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007313621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.995718551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05841994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00842371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.82245125
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.37921300.32045122X-RAY DIFFRACTION86.5
2.46-2.530.3441330.30275208X-RAY DIFFRACTION87.44
2.53-2.60.36341320.30995205X-RAY DIFFRACTION87.64
2.6-2.680.37071340.30835271X-RAY DIFFRACTION88.91
2.68-2.780.36231370.31285342X-RAY DIFFRACTION89.94
2.78-2.890.36851380.30595426X-RAY DIFFRACTION91.26
2.89-3.020.35631420.30225580X-RAY DIFFRACTION93.25
3.02-3.180.31971430.30185676X-RAY DIFFRACTION95.74
3.18-3.380.32921470.2765802X-RAY DIFFRACTION96.86
3.38-3.640.27961510.23315876X-RAY DIFFRACTION98.43
3.64-4.010.24081500.21115932X-RAY DIFFRACTION99.35
4.01-4.590.22771520.17615976X-RAY DIFFRACTION99.64
4.59-5.780.20041540.17846033X-RAY DIFFRACTION99.95
5.78-38.660.20331560.17996098X-RAY DIFFRACTION99.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.955710593212.03539636058-0.9586879963984.403246989881.346050951851.71762621924-0.5298202223111.850340584660.339091201209-1.177926435230.7566980455940.0470402498408-0.2788002017230.0363417121642-0.2028058533180.76131296834-0.312815193225-0.1115574640841.501615772880.1600993691330.559801759448-69.7789650946-60.280971796646.3200738657
27.256802266273.182577641150.890253982764.232544096420.6451000884322.5290860552-0.0232012203436-0.974513238981-0.281968242599-0.170386173211-0.35262126943-0.0936037307845-0.03023025227480.01388831513640.3757293813460.3040767794890.07601174384940.0306033639310.4322615308690.04376779077390.482289318585-7.2924676567-32.267806023620.6582292363
32.49999132081-0.090290605096-0.2000947776264.221212360971.685167651973.520508537140.13294906855-1.114633540910.1709951034430.784279267083-0.4328361542130.735667498588-0.20258098832-0.3120370842960.2600483119730.591830518371-0.1642439053770.1414803946451.04976434292-0.1520683519910.72166877119-15.0585711324-23.9186711339.2397274682
42.78599023444-0.569966212671-0.3957069792074.954199282220.01884010313992.82093112299-0.003371426331560.1808302645350.24483747896-0.33070643534-0.00222955796328-0.709963615029-0.02400892209430.2221171559660.01423570254620.3564712229120.01916934573770.05939138632990.2513650872270.02734227842270.409692952512-29.018231733-18.1196385831-12.2143030822
53.2113914279-1.199132144340.02484122246475.037645639050.2439912270512.59418337435-0.03695859210150.08368089810760.211476598647-0.2369094317820.0369947535950.0304844130485-0.205766245647-0.1928590405160.03105766071220.4108527004910.02608027709770.009769691542080.2782585805650.00722115619530.317603155695-39.5214098629-13.9352303145-10.7175750785
63.7578024494-0.568595836435-0.06074098985113.21727165918-0.5651679869161.96013178006-0.0239701612425-0.002463167064080.244175040250.3066443944120.0553473797305-0.574986709697-0.09071483958380.297486237801-0.01871571380930.363833677186-0.0050596530052-0.07921857176410.295712810666-0.05164559354590.380280396748-28.0360788954-22.52949009797.72677882234
73.95911110521-0.544886640159-0.1149704418024.58190678407-0.04768376826561.84416622913-0.0708162531245-0.206995614079-0.05740483379390.2369453883030.1405905662280.1359639855020.137742105134-0.122442772284-0.0586298054990.3838122266390.00932769902001-0.0353474064150.2758677055240.009754486323820.284677121999-41.5670754329-27.059851917710.6942726708
83.84315653102-0.6422208726171.648445707075.009137928680.07106665840074.387634763620.2388016464840.108817512995-0.142231349261-0.656524023379-0.1690843279470.5766485706640.200027326537-0.566758890719-0.06356160144110.5917935119390.048377786876-0.05631644554770.453358139593-0.05596821025780.455440909222-72.9292234277-28.992204116670.8911781814
92.355591644840.2887141743980.3408179507884.13657228243-0.2033896779892.232993771190.0533930496402-0.3422275482-0.1037218088750.583719005418-0.09286481349430.2677100033360.0317795607841-0.1559666995720.04694256902030.4326602396810.01715630393290.05366979094510.387462396301-0.04570683421340.382939245243-66.5161348827-36.168657422390.3335328358
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 255 through 301 )EI255 - 301217 - 263
22chain 'F' and (resid 31 through 138 )FK31 - 1381 - 108
33chain 'F' and (resid 139 through 301 )FK139 - 301109 - 271
44chain 'A' and (resid 31 through 78 )AA31 - 781 - 48
55chain 'A' and (resid 79 through 143 )AA79 - 14349 - 113
66chain 'A' and (resid 144 through 210 )AA144 - 210114 - 180
77chain 'A' and (resid 211 through 301 )AA211 - 301181 - 271
88chain 'B' and (resid 31 through 138 )BC31 - 1381 - 108
99chain 'B' and (resid 139 through 301 )BC139 - 301109 - 271
1010chain 'C' and (resid 31 through 173 )CE31 - 1731 - 143
1111chain 'C' and (resid 174 through 301 )CE174 - 301144 - 271
1212chain 'D' and (resid 32 through 153 )DG32 - 1531 - 122
1313chain 'D' and (resid 154 through 301 )DG154 - 301123 - 270
1414chain 'E' and (resid 31 through 173 )EI31 - 1731 - 135
1515chain 'E' and (resid 174 through 210 )EI174 - 210136 - 172
1616chain 'E' and (resid 211 through 254 )EI211 - 254173 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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