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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tsw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Human NADH-Cytochrome B5 Reductase T117D Mutant | ||||||
![]() | NADH-cytochrome b5 reductase 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric-oxide synthase complex / cytochrome-b5 reductase / Vitamin C (ascorbate) metabolism / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / Phase I - Functionalization of compounds / blood circulation / AMP binding / hemoglobin complex / cholesterol biosynthetic process / nitric oxide biosynthetic process ...nitric-oxide synthase complex / cytochrome-b5 reductase / Vitamin C (ascorbate) metabolism / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / Phase I - Functionalization of compounds / blood circulation / AMP binding / hemoglobin complex / cholesterol biosynthetic process / nitric oxide biosynthetic process / FAD binding / lipid droplet / mitochondrial membrane / ADP binding / NAD binding / azurophil granule lumen / mitochondrial outer membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular region / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zheng, A. / Thibodeau, P.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure Of wild-type Human NADH-Cytochrome B5 Reductase and mutants 著者: Zheng, A. / Thibodeau, P.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 790.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 555.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 60.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7thgC ![]() 7tnvC ![]() 1umkS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31165.955 Da / 分子数: 6 / 変異: T117D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.19 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4K 10%, 0.1M Tris-HCl pH 8.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→46.03 Å / Num. obs: 80627 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 7.71 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 8.62 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 7363 / Rrim(I) all: 0.5 / % possible all: 86.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1umk 解像度: 2.4→38.66 Å / SU ML: 0.3781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.8546 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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