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- PDB-7tsw: Crystal Structure Of Human NADH-Cytochrome B5 Reductase T117D Mutant -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tsw | ||||||
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Title | Crystal Structure Of Human NADH-Cytochrome B5 Reductase T117D Mutant | ||||||
![]() | NADH-cytochrome b5 reductase 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | ![]() nitric-oxide synthase complex / cytochrome-b5 reductase / Vitamin C (ascorbate) metabolism / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / Phase I - Functionalization of compounds / blood circulation / AMP binding / cholesterol biosynthetic process / hemoglobin complex / nitric oxide biosynthetic process ...nitric-oxide synthase complex / cytochrome-b5 reductase / Vitamin C (ascorbate) metabolism / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / Phase I - Functionalization of compounds / blood circulation / AMP binding / cholesterol biosynthetic process / hemoglobin complex / nitric oxide biosynthetic process / FAD binding / lipid droplet / mitochondrial membrane / ADP binding / NAD binding / azurophil granule lumen / mitochondrial outer membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular region / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zheng, A. / Thibodeau, P.H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure Of wild-type Human NADH-Cytochrome B5 Reductase and mutants Authors: Zheng, A. / Thibodeau, P.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 790.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 555.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 60.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 82.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7thgC ![]() 7tnvC ![]() 1umkS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31165.955 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: T117D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 4K 10%, 0.1M Tris-HCl pH 8.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Sep 27, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→46.03 Å / Num. obs: 80627 / % possible obs: 94 % / Redundancy: 7.71 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 8.62 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 7363 / Rrim(I) all: 0.5 / % possible all: 86.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1umk Resolution: 2.4→38.66 Å / SU ML: 0.3781 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.8546 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→38.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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