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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tso | ||||||
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タイトル | Structure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 6-(3-(3,3-difluoroazetidin-1-yl)propyl)-4-methylpyridin-2-amine | ||||||
![]() | Nitric oxide synthase, endothelial | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / nitric oxide synthase inhibitor / heme enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / smooth muscle hyperplasia / response to fluid shear stress / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development ...regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / smooth muscle hyperplasia / response to fluid shear stress / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of guanylate cyclase activity / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / aortic valve morphogenesis / arginine binding / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / cadmium ion binding / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / actin monomer binding / negative regulation of platelet activation / endothelial cell migration / nitric-oxide synthase (NADPH) / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / blood vessel remodeling / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / eNOS activation / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of sodium ion transport / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / homeostasis of number of cells within a tissue / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / removal of superoxide radicals / blood vessel diameter maintenance / VEGFR2 mediated vascular permeability / cell redox homeostasis / response to hormone / mitochondrion organization / caveola / establishment of localization in cell / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / lung development / potassium ion transport / regulation of blood pressure / vasodilation / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / endocytic vesicle membrane / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to heat / scaffold protein binding / angiogenesis / in utero embryonic development / response to lipopolysaccharide / Extra-nuclear estrogen signaling / cytoskeleton / calmodulin binding / negative regulation of cell population proliferation / Golgi membrane / heme binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: 2-Aminopyridines with a shortened amino sidechain as potent, selective, and highly permeable human neuronal nitric oxide synthase inhibitors. 著者: Vasu, D. / Li, H. / Hardy, C.D. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 678.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 563.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ts1C ![]() 7ts2C ![]() 7ts3C ![]() 7ts4C ![]() 7ts5C ![]() 7ts6C ![]() 7ts7C ![]() 7ts8C ![]() 7ts9C ![]() 7tsaC ![]() 7tsbC ![]() 7tscC ![]() 7tsdC ![]() 7tseC ![]() 7tsfC ![]() 7tsgC ![]() 7tshC ![]() 7tsiC ![]() 7tskC ![]() 7tslC ![]() 7tsmC ![]() 7tsnC ![]() 7tspC ![]() 7uamC ![]() 7uanC ![]() 7uaoC ![]() 7us7C ![]() 7us8C ![]() 5uo8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 49345.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 559分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/K8F.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/K8F.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-H4B / #4: 化合物 | ChemComp-K8F / #5: 化合物 | ChemComp-BTB / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 化合物 | ChemComp-GD / #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: rods |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10-12% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS 0.2-0.3M MG ACETATE, 0.1M GdCl3 10% glycerol, 5 mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月26日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→39.121 Å / Num. obs: 130391 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / CC1/2: 0.946 / Rmerge(I) obs: 0.372 / Rpim(I) all: 0.16 / Rrim(I) all: 0.406 / Net I/σ(I): 2.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 6.344 / Num. measured all: 36829 / Num. unique obs: 6447 / CC1/2: 0.523 / Rpim(I) all: 2.846 / Rrim(I) all: 6.976 / Net I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5UO8 解像度: 2→39.121 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.71 / 位相誤差: 31.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 151.51 Å2 / Biso mean: 54.6364 Å2 / Biso min: 16.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→39.121 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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