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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7trr | |||||||||
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タイトル | Structure of Neisseria gonorrhoeae peptidoglycan O-acetyltransferase B (PatB) with methylsulfonyl adduct | |||||||||
![]() | Peptidoglycan O-acetyltransferase B | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Peptidoglycan / O-acetyltransferase / Neisseria / gonorrhoeae | |||||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF459 / Protein of unknown function (DUF459) / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / methanesulfonic acid / Periplasmic protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Brott, A.S. / Stangherlin, S. / Clarke, A.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Neisseria gonorrhoeae peptidoglycan O-acetyltransferase B (PatB) 著者: Brott, A.S. / Stangherlin, S. / Clarke, A.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 710.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 711 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7tjbC ![]() 7tlvSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25437.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO_0533 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-03S / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2.08 M ammonium sulfate in 0.1 M phosphate-citrate buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97828 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41997→72.85 Å / Num. obs: 58729 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32 % / Biso Wilson estimate: 22.70018156 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 2.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.47 Å / Num. unique obs: 4786 / CC1/2: 0.44 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7TLV 解像度: 1.8000158121→49.1500006166 Å / SU ML: 0.210577724527 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36300540135 / 位相誤差: 23.437185808 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.2026547367 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8000158121→49.1500006166 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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