PDB-7tro: Crystal structure of R14A-R20A human Galectin-7 mutant in presenc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tro

タイトル

Crystal structure of R14A-R20A human Galectin-7 mutant in presence of lactose

要素

Galectin-7

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / human galectin-7 / dimer interface mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N.

資金援助

カナダ,

米国, 6件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN 2016-05557	カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM105978	米国
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)	FRQ-S Research Scholar Senior Career Award (281993)	カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)	FRQ-S Junior 1 (251848)	カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2017-06091	カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)	FRQ-S Doctoral Training scholarship (287239)	カナダ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of R14A-R20A human Galectin-7 mutant in presence of lactose
著者: Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N.

履歴

登録	2022年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tro.cif.gz	171.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tro.ent.gz	135.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tro.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7tro_validation.pdf.gz	886.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tro_full_validation.pdf.gz	886.9 KB	表示
XML形式データ	7tro_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	7tro_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/7tro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/7tro	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4galS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-7

B: Galectin-7

ヘテロ分子

30.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.970, 66.160, 70.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Galectin-7 / Gal-7 / HKL-14 / PI7 / p53-induced gene 1 protein

分子量: 14793.617 Da / 分子数: 2 / 変異: R14A, R20A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS7, PIG1, LGALS7B / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47929

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム

分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M NaCl,0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000, 5% Glycerol, 7.5 mM Lactose Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月19日 / 詳細: 16 tiled fiber-optic tapers

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→48.28 Å / Num. obs: 23994 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 24.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.86	6.6	0.793	2.2	2367	0.77	0.328	0.861	99.8
1.86-1.94	9.1	0.539	4.3	2344	0.941	0.186	0.571	99.4
1.94-2.03	9.8	0.323	7.4	2356	0.977	0.107	0.341	100
2.03-2.13	9.8	0.203	11.6	2393	0.989	0.067	0.214	100
2.13-2.27	9.7	0.146	16.2	2341	0.994	0.049	0.154	98.6
2.27-2.44	9.8	0.107	20.7	2378	0.997	0.035	0.112	99.9
2.44-2.69	9.8	0.074	28.5	2410	0.998	0.025	0.079	100
2.69-3.08	9.7	0.05	38.7	2410	0.999	0.017	0.53	100
3.08-3.88	9.6	0.035	53.7	2445	0.999	0.012	0.037	100
3.88-48.28	9.2	0.028	59.4	2550	1	0.01	0.03	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.64 Å	48.26 Å
Translation	1.64 Å	48.26 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.12	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4gal

4gal

解像度: 1.8→35.97 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	1558	6.5 %
R_work	0.175	22426	-
obs	0.178	23984	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.6 Å² / B_iso mean: 36.5192 Å² / B_iso min: 14.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→35.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2071	0	75	268	2414
B_iso mean	-	-	60.67	39.05	-
残基数	-	-	-	-	267

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.86	0.377	135	0.3254	2026	2161	100
1.86-1.92	0.3594	144	0.2759	1980	2124	100
1.92-2	0.268	139	0.2163	1993	2132	100
2-2.09	0.2305	136	0.195	2025	2161	100
2.09-2.2	0.2487	133	0.1871	2032	2165	100
2.2-2.34	0.2785	146	0.1988	1993	2139	98
2.34-2.52	0.2253	140	0.1786	2025	2165	100
2.52-2.78	0.2467	144	0.1872	2036	2180	100
2.78-3.18	0.2245	142	0.1792	2069	2211	100
3.18-4	0.1607	141	0.1431	2067	2208	100
4-35.97	0.2013	158	0.1528	2180	2338	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0313	-0.0128	0.0223	0.0209	0.0015	0.0146	0.3012	0.0174	-0.191	-0.2234	0.1142	-0.0131	0.0437	0.6613	-0.0002	0.6517	-0.1164	0.0883	0.603	-0.1086	0.6804	28.3273	-9.2885	6.0249
2	0.1568	-0.2924	0.037	0.067	-0.074	0.0799	-0.0313	0.1417	0.2515	0.047	-0.1013	-0.2354	-0.1206	0.0944	-0.0011	0.2643	-0.0299	-0.0351	0.254	-0.0038	0.2643	25.8626	-1.1789	-8.7834
3	0.4921	-0.0624	0.35	0.6705	-0.2307	0.6104	0.0259	-0.0618	-0.0341	0.0463	-0.007	0.0403	-0.0903	-0.019	-0	0.2019	0.0157	0.0219	0.2291	-0	0.1917	17.3271	-11.8321	-1.8386
4	0.7148	0.3136	-0.2916	0.122	-0.0669	0.7126	0.1342	0.1133	-0.0507	-0.0986	-0.0644	0.0499	-0.0734	-0.0217	0	0.2122	-0.0013	0.0109	0.2136	-0.0133	0.2095	15.8121	-16.2148	-5.4447
5	0.1232	0.0076	-0.1664	0.1473	0.1031	0.1807	0.0217	0.2372	0.0266	-0.2608	0.0197	0.1276	0.0811	-0.0144	0	0.1772	0.0005	0.0003	0.2317	0.0114	0.1589	21.8337	-10.176	-15.7778
6	0.0927	0.2546	0.053	0.4044	0.1646	0.2627	-0.0899	0.2438	0.1495	0.0647	0.0029	-0.0504	-0.1364	-0.0867	0	0.1925	-0.0133	-0.0064	0.2545	0.0048	0.1904	16.4684	-12.8404	-15.6435
7	0.2317	-0.2314	-0.0051	0.0078	0.0241	0.0908	-0.0856	-0.1522	0.1498	0.1346	0.0781	-0.163	-0.2248	-0.0548	0	0.2603	0.0131	0.0039	0.2222	-0.0015	0.2412	20.0908	-3.7436	-4.3251
8	0.151	0.1087	0.0352	-0.012	-0.0638	0.0781	-0.0311	0.0402	0.1213	0.0911	-0.185	-0.3589	-0.301	0.3907	-0	0.2361	-0.012	-0.0053	0.2558	0.0141	0.2677	32.2783	-7.9578	-5.9352
9	0.0454	0.0521	0.0161	0.0541	0.0332	0.0756	-0.0467	0.3384	-0.0767	0.0149	0.1753	-0.2716	-0.0906	0.5863	-0	0.5454	0.0012	0.0292	0.4512	-0.0565	0.4725	32.8191	-18.3395	-32.5166
10	0.0378	-0.0639	-0.0483	0.0923	0.121	0.0539	-0.1263	0.2058	-0.3977	-0.069	-0.0006	-0.1033	0.1219	0.3284	-0.0001	0.2868	-0.0058	0.0356	0.2656	-0.0032	0.275	27.8491	-10.4075	-25.3163
11	0.281	0.1096	-0.1792	0.2603	-0.1512	0.7745	0.0714	-0.0872	-0.4061	-0.335	-0.0115	-0.2918	0.3589	0.181	-0.053	0.3034	0.0808	0.0688	0.3008	0.0009	0.385	44.7819	-14.7378	-26.5721
12	0.0287	0.0005	0.0417	0.0439	-0.0184	0.0351	-0.1391	-0.0926	-0.2338	0.0132	0.1415	0.039	-0.1656	-0.0829	-0.0006	0.4871	-0.0071	0.0414	0.4272	-0.0582	0.3938	35.283	-14.2885	-42.6361
13	0.081	0.0924	-0.1526	0.2311	-0.1906	0.263	-0.1466	0.0034	-0.1334	-0.304	-0.0127	-0.5036	0.0635	0.2936	-0.0008	0.3069	0.0307	0.0654	0.3269	0.0302	0.3906	45.6863	-6.0969	-28.9059
14	0.0476	-0.0043	0.0058	0.014	0.0095	0.0196	0.0149	0.46	-0.0354	-0.185	0.1266	0.4282	0.3324	-0.4642	-0	0.6676	-0.0291	0.1649	0.4244	0.0195	0.4625	39.74	-2.5695	-41.9338
15	0.1555	0.2339	-0.1957	0.8805	0.2785	0.5516	-0.0499	-0.1961	0.0662	0.0121	0.0061	-0.3484	0.1048	0.2601	-0.0001	0.2733	0.0464	0.0398	0.343	0.0484	0.3568	42.8925	-6.1716	-22.3074
16	0.5724	-0.2258	-0.2931	0.7395	0.1868	0.236	0.0235	-0.076	-0.1226	-0.185	-0.0309	-0.1285	0.2102	-0.11	0	0.2811	0.0114	0.0056	0.243	0.0054	0.2646	35.1622	-4.39	-26.2977
17	0.5518	0.4257	0.6341	0.2132	0.4833	1.0632	0.1647	0.0419	-0.2758	0.3532	-0.103	-0.4786	0.5026	0.0331	0.0235	0.3771	0.1038	0.0324	0.2433	0.0289	0.4392	38.8566	-19.1403	-23.3428

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:4)	A	1 - 4
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 5:21)	A	5 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 22:64)	A	22 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 65:87)	A	65 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 88:102)	A	88 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 103:112)	A	103 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 113:128)	A	113 - 128
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 129:135)	A	129 - 135
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 4:10)	B	4 - 10
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 11:21)	B	11 - 21
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 22:39)	B	22 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 40:43)	B	40 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 44:63)	B	44 - 63
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 64:68)	B	64 - 68
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 69:96)	B	69 - 96
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 97:123)	B	97 - 123
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 124:135)	B	124 - 135

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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