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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tqh | ||||||
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タイトル | Selenium-incorporated nitrogenase Fe protein (Av2-Se) from A. vinelandii (11 mM KSeCN) | ||||||
![]() | Nitrogenase iron protein 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / nitrogenase / metalloprotein / iron sulfur cluster | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Buscagan, T.M. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Selenocyanate derived Se-incorporation into the Nitrogenase Fe protein cluster. 著者: Buscagan, T.M. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 806.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 808.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7t4hC ![]() 7tneC ![]() 7tpnC ![]() 7tpoC ![]() 7tpvC ![]() 7tpwC ![]() 7tpxC ![]() 7tpyC ![]() 7tpzC ![]() 7tq0C ![]() 7tq9C ![]() 7tqcC ![]() 7tqeC ![]() 7tqfC ![]() 7tqiC ![]() 7tqjC ![]() 7tqkC ![]() 6n4lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 31548.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 183分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/SFS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SFS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
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#3: 化合物 | ChemComp-SFS / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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非ポリマーの詳細 | Individual instances of the Fe-S/Se cluster represented by residues 301 SF4 and 302 SFS may contain ...Individual instances of the Fe-S/Se cluster represented by residues 301 SF4 and 302 SFS may contain both sulfur and selenium. The primary citation should be consulted for a detailed description of the cluster refinement. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 36-41% PEG400, 0.1-0.3 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2.5 mM dithionite, 0.17 mM Cymal-7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.49→45.72 Å / Num. obs: 42696 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 18.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 18.4 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.319 / Num. unique obs: 2237 / CC1/2: 0.835 / Rpim(I) all: 0.562 / Rrim(I) all: 1.437 / % possible all: 99.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.438
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 6N4L 解像度: 1.49→39.01 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.76 Å2 / Biso mean: 24.9609 Å2 / Biso min: 11.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.49→39.01 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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