PDB-7tpy: Selenium-free nitrogenase Fe protein (Av2) from A. vinelandii (nu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tpy

タイトル

Selenium-free nitrogenase Fe protein (Av2) from A. vinelandii (nucleotide control)

要素

Nitrogenase iron protein 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / nitrogenase / metalloprotein / iron sulfur cluster

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Buscagan, T.M. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Selenocyanate derived Se-incorporation into the Nitrogenase Fe protein cluster.
著者: Buscagan, T.M. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C.

履歴

登録	2022年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tpy.cif.gz	74.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tpy.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tpy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tpy_validation.pdf.gz	784.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tpy_full_validation.pdf.gz	786.7 KB	表示
XML形式データ	7tpy_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	7tpy_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/7tpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/7tpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7t4hC 7tneC 7tpnC 7tpoC 7tpvC 7tpwC 7tpxC 7tpzC 7tq0C 7tq9C 7tqcC 7tqeC 7tqfC 7tqhC 7tqiC 7tqjC 7tqkC 6n4lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Nitrogenase iron protein 1

ヘテロ分子

32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nitrogenase iron protein 1

ヘテロ分子

A: Nitrogenase iron protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.438, 73.726, 74.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-483- HOH

#1: タンパク質	Nitrogenase iron protein 1 / Nitrogenase Fe protein 1 / Nitrogenase component II / Nitrogenase reductase 分子量: 31548.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00459, nitrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 36-41% PEG400, 0.1-0.3 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2.5 mM dithionite, 0.17 mM Cymal-7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97869, 0.98062

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97869	1
2	0.98062	1

反射

解像度: 1.48→45.48 Å / Num. obs: 42502 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 17.92 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 16.3

反射シェル

解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 1.677 / Num. unique obs: 2147 / CC_1/2: 0.835 / R_pim(I) all: 0.699 / R_rim(I) all: 1.819 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.442

	最高解像度	最低解像度
Rotation	37.27 Å	1.88 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6N4L

6n4l

解像度: 1.48→37.27 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1935	3867	4.8 %
R_work	0.1729	76670	-
obs	0.1739	42412	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.93 Å² / B_iso mean: 25.2532 Å² / B_iso min: 13.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.48→37.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2057	0	44	140	2241
B_iso mean	-	-	20.98	34.32	-
残基数	-	-	-	-	272

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.48-1.5	0.3013	143	0.307	2748	2891	100
1.5-1.52	0.2857	122	0.2814	2748	2870	100
1.52-1.54	0.2708	137	0.2636	2708	2845	100
1.54-1.56	0.2772	119	0.2499	2794	2913	100
1.56-1.58	0.2695	102	0.2417	2764	2866	100
1.58-1.6	0.2732	148	0.2326	2717	2865	100
1.6-1.63	0.2559	114	0.2178	2771	2885	100
1.63-1.66	0.2377	124	0.2152	2737	2861	100
1.66-1.68	0.2482	163	0.2076	2713	2876	99
1.68-1.71	0.2523	125	0.2027	2739	2864	99
1.71-1.75	0.2553	165	0.1956	2727	2892	100
1.75-1.78	0.2041	144	0.1836	2716	2860	100
1.78-1.82	0.212	142	0.1783	2730	2872	100
1.82-1.86	0.1643	188	0.1651	2669	2857	100
1.86-1.91	0.1655	126	0.173	2772	2898	100
1.91-1.96	0.171	148	0.1586	2715	2863	100
1.96-2.02	0.2081	157	0.1618	2731	2888	100
2.02-2.09	0.1877	105	0.1579	2780	2885	100
2.09-2.16	0.1872	128	0.1563	2766	2894	100
2.16-2.25	0.1853	158	0.154	2694	2852	100
2.25-2.35	0.2001	154	0.1637	2733	2887	100
2.35-2.47	0.1526	138	0.1539	2745	2883	100
2.47-2.63	0.1929	121	0.1727	2744	2865	100
2.63-2.83	0.2038	110	0.1612	2788	2898	100
2.83-3.12	0.1681	140	0.1681	2727	2867	100
3.12-3.57	0.1644	151	0.1573	2738	2889	100
3.57-4.49	0.1654	129	0.1482	2742	2871	100
4.49-37.27	0.2127	166	0.1839	2714	2880	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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