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- PDB-7tpv: Selenium-free nitrogenase Fe protein (Av2) from A. vinelandii (5m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tpv
タイトルSelenium-free nitrogenase Fe protein (Av2) from A. vinelandii (5mM KSeCN Soaked)
要素Nitrogenase iron protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitrogenase / metalloprotein / iron sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / Nitrogenase iron protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Buscagan, T.M. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Selenocyanate derived Se-incorporation into the Nitrogenase Fe protein cluster.
著者: Buscagan, T.M. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase iron protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3514
ポリマ－31,5481
非ポリマー8033
水2,504139
1
A: Nitrogenase iron protein 1
ヘテロ分子

A: Nitrogenase iron protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7038
ポリマ－63,0962
非ポリマー1,6066
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565x,-y+1,-z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.363, 73.691, 74.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-472-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nitrogenase iron protein 1 / Nitrogenase Fe protein 1 / Nitrogenase component II / Nitrogenase reductase


分子量: 31548.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00459, nitrogenase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 36-41% PEG400, 0.1-0.3 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2.5 mM dithionite, 0.17 mM Cymal-7, 5 mM potassium selenocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97869, 0.98062
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978691
20.980621
反射解像度: 1.49→45.35 Å / Num. obs: 41143 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 16.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.095 / Num. unique obs: 2448 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.462 / Rrim(I) all: 1.191 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.507
最高解像度最低解像度
Rotation45.36 Å1.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.19.2-4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6N4L

6n4l


解像度: 1.49→38.7 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1989 3746 4.8 %
Rwork0.1748 74226 -
obs0.176 41067 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.3 Å2 / Biso mean: 24.8388 Å2 / Biso min: 11.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.49→38.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2098 0 44 139 2281
Biso mean--20.19 31.88 -
残基数----277
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.49-1.510.27961310.29962771290299
1.51-1.530.31931280.267527722900100
1.53-1.550.23851380.246327802918100
1.55-1.570.2704930.23272812290599
1.57-1.60.27241490.22732689283899
1.6-1.620.27051220.21062817293999
1.62-1.650.20211220.210427912913100
1.65-1.680.25261510.20642725287699
1.68-1.710.20081450.19952684282998
1.71-1.740.26371520.19722651280396
1.74-1.770.21391470.186627572904100
1.77-1.810.21961460.18327642910100
1.81-1.850.17561920.173826752867100
1.85-1.90.19071330.179527922925100
1.9-1.950.18371400.16527422882100
1.95-2.010.22961600.169127512911100
2.01-2.070.20721070.16612773288099
2.07-2.150.1781210.16872761288299
2.15-2.230.19561570.16712679283698
2.23-2.340.22311510.169427502901100
2.34-2.460.17761340.16227602894100
2.46-2.610.19381290.1792788291799
2.61-2.820.18181080.171227952903100
2.82-3.10.21091450.17392730287599
3.1-3.550.1831440.165127472891100
3.55-4.470.16191370.147927592896100
4.47-38.70.19851640.17042711287599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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