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- PDB-7tpu: Crystal structure of a chitinase-modifying protein from Fusarium ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tpu | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of a chitinase-modifying protein from Fusarium vanettenii (Fvan-cmp) | ||||||||||||
![]() | Beta-lactamase domain-containing protein | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / polyglycine hydrolase / chitinase-modifying protein / serine protease / beta lactamase-like | ||||||||||||
Function / homology | Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Beta-lactamase domain-containing protein![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Dowling, N.V. / Naumann, T.A. / Price, N.P.J. / Rose, D.R. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of a polyglycine hydrolase determined using a RoseTTAFold model. Authors: Dowling, N.V. / Naumann, T.A. / Price, N.P.J. / Rose, D.R. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 252.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 195.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 40.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 68413.742 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: NaCl, MES, PEG 4000. Cryoprotected with additional 10% PEG 400. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 12, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.19→100 Å / Num. obs: 43664 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Rpim(I) all: 0.153 / Rrim(I) all: 0.389 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 5.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: RoseTTAFold prediction Resolution: 2.194→53.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.268 / WRfactor Rwork: 0.211 / SU B: 6.759 / SU ML: 0.17 / Average fsc free: 0.8873 / Average fsc work: 0.9061 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.203 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.291 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.194→53.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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