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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tp5 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of T252E CYP199A4 bound to 4-ethylthiobenzoic acid | ||||||
要素 | Cytochrome P450 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / peroxygenase / sulfoxidation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.655 Å | ||||||
データ登録者 | Podgorski, M. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2022 タイトル: Investigating the Active Oxidants Involved in Cytochrome P450 Catalyzed Sulfoxidation Reactions. 著者: Podgorski, M.N. / Coleman, T. / Churchman, L.R. / Bruning, J.B. / De Voss, J.J. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tp5.cif.gz | 105 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tp5.ent.gz | 74.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tp5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tp5_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tp5_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7tp5_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tp5_validation.cif.gz | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/7tp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/7tp5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 44615.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IU02 |
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-非ポリマー , 6種, 401分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-81M / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.23 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 100 mM Bis-Tris (adjusted to pH 5.0-5.75 with acetic acid), 0.2 M magnesium acetate, 20-32% PEG3350 PH範囲: 5.0-5.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) water-cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.655→40.7 Å / Num. obs: 31873 / % possible obs: 81.1 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 13.11 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 9.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5UVB 解像度: 1.655→40.697 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.18 Å2 / Biso mean: 16.5554 Å2 / Biso min: 5.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.655→40.697 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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