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- PDB-7tot: Crystal Structure of pantothenate synthetase from Bartonella henselae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tot
タイトルCrystal Structure of pantothenate synthetase from Bartonella henselae
要素Pantothenate synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / pantothenate synthetase / pantoate--beta-alanine ligase / ATP binding / nucleotide binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pantoate-beta-alanine ligase / Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain / Pantoate-beta-alanine ligase / Cytidyltransferase-like domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Pantothenate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella henselae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of pantothenate synthetase from Bartonella henselae
著者: Bolejack, M.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate synthetase
B: Pantothenate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,81215
ポリマ－66,7142
非ポリマー1,09913
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area25150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.820, 51.260, 78.650
Angle α, β, γ (deg.)108.900, 99.370, 90.600
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Pantothenate synthetase / PS / Pantoate--beta-alanine ligase / Pantoate-activating enzyme


分子量: 33356.801 Da / 分子数: 2 / 断片: BaheA.00498.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella henselae (strain ATCC 49882 / DSM 28221 / Houston 1) (バクテリア)
株: ATCC 49882 / DSM 28221 / Houston 1 / 遺伝子: panC, BH05120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6G456, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming)
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein at 21 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ...詳細: Protein at 21 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, and ammonium sulfate, and 0.1 M MES/imidazole pH 7.5 (Morpheus C8). Cryo: Direct. Tray: 320104c8: pin: ifl7-5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月1日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.35 Å / Num. obs: 58720 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.193 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Rrim(I) all: 0.031 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 19.95 / Num. measured all: 128748 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.852.2140.3492.79648460243570.8950.4794.7
1.85-1.92.2050.2743.479331446942320.9320.37194.7
1.9-1.952.2130.1974.718974431940550.960.26693.9
1.95-2.012.210.1495.968823421439920.9740.20194.7
2.01-2.082.2140.1038.158514408738460.9880.13994.1
2.08-2.152.2090.0829.948238393637300.9930.11194.8
2.15-2.232.2010.06212.537999383036340.9950.08494.9
2.23-2.322.2010.05315.057661367834800.9960.07294.6
2.32-2.432.2050.04517.287363350433390.9970.0695.3
2.43-2.552.1980.03520.717072339632180.9980.04794.8
2.55-2.682.1940.0323.796616316430150.9980.04195.3
2.68-2.852.1840.02527.936262303228670.9990.03494.6
2.85-3.042.1870.02134.135897282526960.9990.02995.4
3.04-3.292.1730.01838.825540266625500.9990.02495.6
3.29-3.62.1670.01543.435040242523260.9990.02195.9
3.6-4.022.1520.01547.514520218521000.9990.0296.1
4.02-4.652.1540.01450.394067197018880.9990.01995.8
4.65-5.692.150.01250.513380163115720.9990.01696.4
5.69-8.052.1290.01250.582566124412050.9990.01796.9
8.05-35.352.0020.0135212377016180.9990.01788.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX4438精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ejc

2ejc


解像度: 1.8→35.35 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 2089 3.56 %
Rwork0.1786 56580 -
obs0.1798 58669 94.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.73 Å2 / Biso mean: 45.4034 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→35.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4316 0 70 373 4759
Biso mean--48.55 44.8 -
残基数----566
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.840.3221610.27693757391894
1.84-1.890.33081550.26143696385194
1.89-1.940.24861230.23723750387394
1.94-20.25641450.23253776392195
2-2.060.2251410.21013750389194
2.06-2.130.23991620.20063726388894
2.13-2.220.21511170.19663817393495
2.22-2.320.24421280.2013771389995
2.32-2.440.26331320.19553770390295
2.44-2.60.23781450.19613730387595
2.6-2.80.21781470.1983781392895
2.8-3.080.18571840.19043761394595
3.08-3.520.27171300.1723819394996
3.52-4.440.19781190.1473842396196
4.44-35.350.14451000.14813834393495
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.59960.2813-0.17522.418-0.16853.8596-0.07780.1770.0161-0.2616-0.0285-0.23-0.06710.44960.08180.1613-0.00920.01620.24040.01080.1764-0.3539-1.42120.4709
23.28420.108-0.23375.04573.16986.8370.09130.3897-0.2623-0.4586-0.33690.16520.0236-0.78430.21080.5795-0.040.02660.5615-0.11110.2677-7.4507-13.2372-26.2224
31.66311.704-0.11621.6379-0.25034.2075-0.0941-0.35420.09180.0592-0.48160.51730.8616-1.23340.5120.5757-0.1160.04240.782-0.22670.3883-11.4989-16.5858-18.9746
42.833-0.1334-0.04692.850.09733.9943-0.0491-0.18430.33420.3216-0.12090.2239-0.5798-0.63250.13550.2680.084-0.00530.31-0.07120.2648-20.99766.630620.8306
53.5246-0.3788-0.40382.83780.26484.2017-0.1432-0.3509-0.41880.5053-0.05270.82670.4591-1.1850.21240.3496-0.05620.16150.7996-0.03030.4578-30.5124-5.255923.9722
62.7599-0.48430.05393.30390.36924.2999-0.0914-0.1857-0.15910.3299-0.05950.1120.3101-0.19480.10720.1721-0.02860.03090.2073-0.01080.1714-14.1212-5.853118.8999
73.3764-0.116-0.9964.3136-2.83098.42420.1136-0.4262-0.290.2334-0.4253-0.24660.33850.9590.18890.5520.04610.03510.52390.11660.2719-11.1313-13.177146.9519
81.5036-0.56851.19630.69320.05141.4412-0.18590.3617-0.0199-0.0599-0.6498-0.52251.01381.62860.48160.73390.25770.15430.99420.32410.5015-3.861-17.831838.6578
93.1729-0.9188-0.94513.4492-1.49417.07340.03210.1324-0.2542-0.2399-0.4357-0.4081.07561.01190.64090.65950.04420.03810.53840.10620.3087-11.427-15.306540.6744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 173 )A0 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 174 through 233 )A174 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 234 through 282 )A234 - 282
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 61 )B0 - 61
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 62 through 84 )B62 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 85 through 173 )B85 - 173
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 174 through 233 )B174 - 233
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 234 through 260 )B234 - 260
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 261 through 282 )B261 - 282

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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