PDB-7tot: Crystal Structure of pantothenate synthetase from Bartonella henselae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tot

タイトル

Crystal Structure of pantothenate synthetase from Bartonella henselae

要素

Pantothenate synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / pantothenate synthetase / pantoate--beta-alanine ligase / ATP binding / nucleotide binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of pantothenate synthetase from Bartonella henselae
著者: Bolejack, M.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tot.cif.gz	246.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tot.ent.gz	194.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tot.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7tot_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tot_full_validation.pdf.gz	466.5 KB	表示
XML形式データ	7tot_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	7tot_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/7tot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/7tot	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ejcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pantothenate synthetase

B: Pantothenate synthetase

ヘテロ分子

67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.820, 51.260, 78.650
Angle α, β, γ (deg.)	108.900, 99.370, 90.600
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Pantothenate synthetase / PS / Pantoate--beta-alanine ligase / Pantoate-activating enzyme 分子量: 33356.801 Da / 分子数: 2 / 断片: BaheA.00498.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (strain ATCC 49882 / DSM 28221 / Houston 1) (バクテリア) 株: ATCC 49882 / DSM 28221 / Houston 1 / 遺伝子: panC, BH05120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q6G456, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming)
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein at 21 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ...詳細: Protein at 21 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, and ammonium sulfate, and 0.1 M MES/imidazole pH 7.5 (Morpheus C8). Cryo: Direct. Tray: 320104c8: pin: ifl7-5

結晶

マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.3 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein at 21 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月1日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→35.35 Å / Num. obs: 58720 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.193 % / B_iso Wilson estimate: 29 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.023 / R_rim(I) all: 0.031 / Χ²: 0.945 / Net I/σ(I): 19.95 / Num. measured all: 128748 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	2.214	0.349	2.7	9648	4602	4357	0.895	0.47	94.7
1.85-1.9	2.205	0.274	3.47	9331	4469	4232	0.932	0.371	94.7
1.9-1.95	2.213	0.197	4.71	8974	4319	4055	0.96	0.266	93.9
1.95-2.01	2.21	0.149	5.96	8823	4214	3992	0.974	0.201	94.7
2.01-2.08	2.214	0.103	8.15	8514	4087	3846	0.988	0.139	94.1
2.08-2.15	2.209	0.082	9.94	8238	3936	3730	0.993	0.111	94.8
2.15-2.23	2.201	0.062	12.53	7999	3830	3634	0.995	0.084	94.9
2.23-2.32	2.201	0.053	15.05	7661	3678	3480	0.996	0.072	94.6
2.32-2.43	2.205	0.045	17.28	7363	3504	3339	0.997	0.06	95.3
2.43-2.55	2.198	0.035	20.71	7072	3396	3218	0.998	0.047	94.8
2.55-2.68	2.194	0.03	23.79	6616	3164	3015	0.998	0.041	95.3
2.68-2.85	2.184	0.025	27.93	6262	3032	2867	0.999	0.034	94.6
2.85-3.04	2.187	0.021	34.13	5897	2825	2696	0.999	0.029	95.4
3.04-3.29	2.173	0.018	38.82	5540	2666	2550	0.999	0.024	95.6
3.29-3.6	2.167	0.015	43.43	5040	2425	2326	0.999	0.021	95.9
3.6-4.02	2.152	0.015	47.51	4520	2185	2100	0.999	0.02	96.1
4.02-4.65	2.154	0.014	50.39	4067	1970	1888	0.999	0.019	95.8
4.65-5.69	2.15	0.012	50.51	3380	1631	1572	0.999	0.016	96.4
5.69-8.05	2.129	0.012	50.58	2566	1244	1205	0.999	0.017	96.9
8.05-35.35	2.002	0.013	52	1237	701	618	0.999	0.017	88.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	4438	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ejc

2ejc

解像度: 1.8→35.35 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	2089	3.56 %
R_work	0.1786	56580	-
obs	0.1798	58669	94.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.73 Å² / B_iso mean: 45.4034 Å² / B_iso min: 17.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→35.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4316	0	70	373	4759
B_iso mean	-	-	48.55	44.8	-
残基数	-	-	-	-	566

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.322	161	0.2769	3757	3918	94
1.84-1.89	0.3308	155	0.2614	3696	3851	94
1.89-1.94	0.2486	123	0.2372	3750	3873	94
1.94-2	0.2564	145	0.2325	3776	3921	95
2-2.06	0.225	141	0.2101	3750	3891	94
2.06-2.13	0.2399	162	0.2006	3726	3888	94
2.13-2.22	0.2151	117	0.1966	3817	3934	95
2.22-2.32	0.2442	128	0.201	3771	3899	95
2.32-2.44	0.2633	132	0.1955	3770	3902	95
2.44-2.6	0.2378	145	0.1961	3730	3875	95
2.6-2.8	0.2178	147	0.198	3781	3928	95
2.8-3.08	0.1857	184	0.1904	3761	3945	95
3.08-3.52	0.2717	130	0.172	3819	3949	96
3.52-4.44	0.1978	119	0.147	3842	3961	96
4.44-35.35	0.1445	100	0.1481	3834	3934	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5996	0.2813	-0.1752	2.418	-0.1685	3.8596	-0.0778	0.177	0.0161	-0.2616	-0.0285	-0.23	-0.0671	0.4496	0.0818	0.1613	-0.0092	0.0162	0.2404	0.0108	0.1764	-0.3539	-1.4212	0.4709
2	3.2842	0.108	-0.2337	5.0457	3.1698	6.837	0.0913	0.3897	-0.2623	-0.4586	-0.3369	0.1652	0.0236	-0.7843	0.2108	0.5795	-0.04	0.0266	0.5615	-0.1111	0.2677	-7.4507	-13.2372	-26.2224
3	1.6631	1.704	-0.1162	1.6379	-0.2503	4.2075	-0.0941	-0.3542	0.0918	0.0592	-0.4816	0.5173	0.8616	-1.2334	0.512	0.5757	-0.116	0.0424	0.782	-0.2267	0.3883	-11.4989	-16.5858	-18.9746
4	2.833	-0.1334	-0.0469	2.85	0.0973	3.9943	-0.0491	-0.1843	0.3342	0.3216	-0.1209	0.2239	-0.5798	-0.6325	0.1355	0.268	0.084	-0.0053	0.31	-0.0712	0.2648	-20.9976	6.6306	20.8306
5	3.5246	-0.3788	-0.4038	2.8378	0.2648	4.2017	-0.1432	-0.3509	-0.4188	0.5053	-0.0527	0.8267	0.4591	-1.185	0.2124	0.3496	-0.0562	0.1615	0.7996	-0.0303	0.4578	-30.5124	-5.2559	23.9722
6	2.7599	-0.4843	0.0539	3.3039	0.3692	4.2999	-0.0914	-0.1857	-0.1591	0.3299	-0.0595	0.112	0.3101	-0.1948	0.1072	0.1721	-0.0286	0.0309	0.2073	-0.0108	0.1714	-14.1212	-5.8531	18.8999
7	3.3764	-0.116	-0.996	4.3136	-2.8309	8.4242	0.1136	-0.4262	-0.29	0.2334	-0.4253	-0.2466	0.3385	0.959	0.1889	0.552	0.0461	0.0351	0.5239	0.1166	0.2719	-11.1313	-13.1771	46.9519
8	1.5036	-0.5685	1.1963	0.6932	0.0514	1.4412	-0.1859	0.3617	-0.0199	-0.0599	-0.6498	-0.5225	1.0138	1.6286	0.4816	0.7339	0.2577	0.1543	0.9942	0.3241	0.5015	-3.861	-17.8318	38.6578
9	3.1729	-0.9188	-0.9451	3.4492	-1.4941	7.0734	0.0321	0.1324	-0.2542	-0.2399	-0.4357	-0.408	1.0756	1.0119	0.6409	0.6595	0.0442	0.0381	0.5384	0.1062	0.3087	-11.427	-15.3065	40.6744

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 173 )	A	0 - 173
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 174 through 233 )	A	174 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 234 through 282 )	A	234 - 282
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 61 )	B	0 - 61
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 62 through 84 )	B	62 - 84
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 85 through 173 )	B	85 - 173
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 174 through 233 )	B	174 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 234 through 260 )	B	234 - 260
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 261 through 282 )	B	261 - 282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)