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- PDB-7tom: X-ray crystal structure of glycerol dibiphytanyl glycerol tetraet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tom
タイトルX-ray crystal structure of glycerol dibiphytanyl glycerol tetraether - macrocyclic archaeol synthase (GDGT-MAS) from Methanocaldococcus jannaschii with bacterial lipid substrate analog, 5'deoxyadenosine, and methionine bound
要素glycerol dibiphytanyl glycerol tetraether - macrocyclic archaeol synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Radical SAM Enzyme / Biphytanyl Chain / Glycerol dibiphytanyl glycerol tetraether / Archaeal Lipid modification / [4Fe-4S] cluster / Rubredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin dimethylase / Methyltransferase, class D / : / HMPTM N-terminal zinc ribbon domain / 4Fe-4S single cluster domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / : / Chem-LPP / METHIONINE / THIOCYANATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin dimethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lloyd, C.T. / Booker, S.J. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH (GM-122595 to S.J.B) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Squire J. Booker 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Discovery, structure and mechanism of a tetraether lipid synthase.
著者: Lloyd, C.T. / Iwig, D.F. / Wang, B. / Cossu, M. / Metcalf, W.W. / Boal, A.K. / Booker, S.J.
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycerol dibiphytanyl glycerol tetraether - macrocyclic archaeol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,60210
ポリマ－59,7351
非ポリマー2,8679
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration was performed to isolate monomeric GDGTs.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.609, 77.158, 112.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 glycerol dibiphytanyl glycerol tetraether - macrocyclic archaeol synthase / 7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin dimethyltransferase / 6-hydroxymethyl-H(2)pterin dimethyltransferase


分子量: 59735.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 20 residues are from a tag and are denoted with negative numbers. The 21st residue, methionine, is the start of the native protein and has sequence number 1.
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0619 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q58036, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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非ポリマー , 7種, 401分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 化合物 ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸


分子量: 648.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sodium Thiocyanate, PEG 3350, 5'deoxyadenosine, Methionine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 70348 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 14.25
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Num. unique obs: 1962 / CC1/2: 0.814

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→45.54 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 3493 4.97 %
Rwork0.1502 66855 -
obs0.1526 70348 87.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.53 Å2 / Biso mean: 27.1698 Å2 / Biso min: 5.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→45.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3959 0 141 392 4492
Biso mean--32.86 34.66 -
残基数----498
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.870.2626550.218968102332
1.87-1.90.2039760.20031425150147
1.9-1.930.2165910.19421800189158
1.93-1.960.2015980.17662013211166
1.96-1.990.22831250.17622243236873
1.99-2.020.24591280.16612365249378
2.02-2.060.24011250.17762576270185
2.06-2.10.21361480.17192720286890
2.1-2.140.21561550.16712937309295
2.14-2.190.18941530.16012939309297
2.19-2.240.22541560.14923004316098
2.24-2.30.22311530.15412978313198
2.3-2.360.22581550.14973001315698
2.36-2.430.20651570.14752992314997
2.43-2.510.20481520.15883003315597
2.51-2.60.22131470.15722852299995
2.6-2.70.19931530.16462871302494
2.7-2.820.2321590.151330623221100
2.82-2.970.21881560.156930603216100
2.97-3.160.2051620.15430443206100
3.16-3.40.23561550.148830483203100
3.4-3.740.1981610.13883044320599
3.75-4.290.14251560.12472998315498
4.29-5.40.15211550.12192858301394
5.4-45.540.16831620.145430543216100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1997-0.12130.14580.56-0.16840.3429-0.02260.0985-0.2053-0.35940.0550.37250.2798-0.23940.07160.02070.01640.04090.06-0.07110.11193.60642.32524.713
20.79-0.31910.10091.0948-0.25160.5494-0.0760.03710.03440.17790.0123-0.1263-0.06660.0918-0.22760.0768-0.0148-0.0220.0719-0.01170.03919.88553.62839.124
30.04270.0322-0.03120.0403-0.03510.4208-0.059-0.2276-0.19770.25730.08160.06920.22520.19260.02950.31970.07090.01690.20050.05740.193818.95632.27651.523
40.3843-0.0828-0.13150.08360.00410.1644-0.05760.23150.0596-0.0870.0680.0708-0.0947-0.1311-0.00450.10160.0207-0.00120.06510.03580.08876.56261.58832.529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -2:86 )A-2 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 87:351 )A87 - 351
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 352:439 )A352 - 439
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND ( RESID 440:501 OR RESID 601:606 ) )A440 - 501
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND ( RESID 440:501 OR RESID 601:606 ) )A601 - 606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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